KNIME・EXCEL倉庫

KNIMEやEXCELの備忘録です。

【KNIME】化合物のChembl_IDをSMILESから引っ張ってきたい。

・例えば、化合物の構造だけ与えられて、「これと似たような化合物が、何かの生理活性を測定された報告はあるのかな?」と気になったとする。

・個別の化合物を検索するのであれば、CHEMBL(以下)などでSmilarityも含めて、アッセイ結果を検索してみるのが良い。

www.ebi.ac.uk

・化合物が50個や100個ある場合は、個別に検索するのはハードなので、自動化したいところ。

・ChemblのAPI(以下)と、KNIMEのGet Request、Xpathなどを使えばなんとかなりそうな気がする。

www.ebi.ac.uk

・流れとしては、①SMILESからChembl_IDを釣ってくる、②Chembl_IDから評価情報を釣ってくる、という感じにしたい。

・まずは①を組んでみた(下図)。

f:id:choron81:20220206182928p:plain

・SMILS情報は、以下の通り。

f:id:choron81:20220206175744p:plain

・SMILESの表記方法として、Canonical SMILESを採用している。一番上の化合物だと、Canonical SMILESでCC(C1=NC=NC=C1F)C(CN2C=NC=N2)(C3=C(C=C(C=C3)F)F)Oと表記され、Isomeric SMILESでC[C@@H](C1=NC=NC=C1F)[C@](CN2C=NC=N2)(C3=C(C=C(C=C3)F)F)Oと表記される。Get Requestノードでは、"["や"]"がエラーになるので、Isomeric SMILESだとうまくワークしない。

・String Manipulationは以下の通り。

f:id:choron81:20220206183135p:plain

・"/60"はSimilarityを表しており、"/100"にすると完全に一致している場合しかヒットしなくなる。

・Get Requestは以下の通り。

f:id:choron81:20220206183315p:plain

・Delayは十分に長くとっておかないと、サーバーに負荷をかけるので、500msに設定しておいた。Timeoutは、ある程度長めに取っておく必要がある。30秒程度がおすすめ。

・次に、Xpathでchembl_idを抜き出した(下図)。

f:id:choron81:20220206183506p:plain

Multiple tag optionsはMultiple Rowsにする。

Xpathの出力は以下の通り。目的のものらしいchembl_idが得られた。

f:id:choron81:20220206184038p:plain

 

いったん終わり。