・お題：要素の重なりを視覚的に表現したグラフに、ベン図というのがある。先日、ggVennDiagramというパッケージでベン図を描いてみたが、重なった要素がないところも形式上重なったグラフになっていた。他のパッケージを使ってもうちょっと何とかできるとち…

・お題：サンプルデータを作成する際に、適当にベクトルを作成したいことがある。私は覚えが悪いので毎回ググっているが、面倒なのでメモしておきたい。 ・決められた文字（列）からベクトルを作成する。 ・ABCDABCDにする。 > rep(c("A", "B", "C", "D"), t…

・お題：要素の重なりを視覚的に表現したグラフに、ベン図というのがある。Rで描いてみたい。 ・いろいろ調べてみると、ggplotベースのggVennDiagramというパッケージが便利っぽい。ベン図を描く他のパッケージとの比較も論文で紹介されていた。今回は、ggVe…

・お題：ベクトルやリストの要素には、名前を付けることができる。名前から要素を釣ってくるのが通常だけれど、今回は要素から名前を釣ってきたい。 ・例えば、名前付きのベクトルを作ってみる。 > vec1 <- c(1, 2, 3, 4)> names(vec1) <- c("A", "B", "C", …

・お題：ヒト遺伝子のマウスホモログを探してみたい。 ・共通祖先由来の遺伝子や形態をホモログと呼ぶらしい。また、種分化の際に分岐したホモログをオルソログと呼ぶらしい。言葉の定義がややこしい。以下参考。 bio-and.info ・ヒトでいう●●という遺伝子の…

・お題：所用でリストをまっ平に潰したかったので、メモする。 ・例えば、ベクトルに名前を付けたり外したりしてみる。 > v1 <- c(1,2,3,4,5)> v1[1] 1 2 3 4 5> names(v1) <- c("A","B","C","D","E")> v1A B C D E 1 2 3 4 5 > v1 <- unname(v1)> v1[1] 1 2…

・お題：データセットによって遺伝子のIDの記載方法が異なることがある。くっつけて解析する際に困るので変換・統一する方法を調べてみたい。 ・biomaRtというパッケージが使えるらしい。公式サイトは以下。 bioconductor.org ・今回参考にするチュートリア…