KNIME・EXCEL倉庫

KNIMEやEXCELの備忘録です。

【KNIME】SMILESを前処理したい

・化合物の構造情報を使って色々解析する際に、前処理をしたい場合がある。

・例えば、SDFをSMILESに変換するのであれば、SDF ReaderとRDKit Canon SMILESで何とかなる。

・今回は、このSMILESを更にKNIMEで前処理するにはどうすれば良いか、少し調べてみた。

・これまでに入れていたChem系のExtension(ChemistryやRDKitなど)では不十分だったので、VernalisのExtensionをインストールした(以下)。

www.knime.com

・このExtensionの詳細は公式HPをご確認いただきたいが、SMILESを弄るだけでもたくさんのノードが提供されている(以下)。

・もしde-saltしたければノードを一つかませれば良い(以下)。

・もしstereocentreを除きたければノードを一つかませれば良い(以下)。

・積み木感覚で、ノーコードでこれらの処理を逐次的に実施できるのは便利かも。

終わり。