・化合物の構造情報を使って色々解析する際に、前処理をしたい場合がある。
・例えば、SDFをSMILESに変換するのであれば、SDF ReaderとRDKit Canon SMILESで何とかなる。
・今回は、このSMILESを更にKNIMEで前処理するにはどうすれば良いか、少し調べてみた。
・これまでに入れていたChem系のExtension(ChemistryやRDKitなど)では不十分だったので、VernalisのExtensionをインストールした(以下)。
・このExtensionの詳細は公式HPをご確認いただきたいが、SMILESを弄るだけでもたくさんのノードが提供されている(以下)。
・もしde-saltしたければノードを一つかませれば良い(以下)。
・もしstereocentreを除きたければノードを一つかませれば良い(以下)。
・積み木感覚で、ノーコードでこれらの処理を逐次的に実施できるのは便利かも。
終わり。