・XPath
KNIME
化学的な
・XPath
・Table Creator
・Transpose
・String Manipulation
・GET Request
・Column Filter
・Column Combiner
・Molecular Type Cast
・諸般の事情で、化合物のChEMBL IDのリストと活性情報が手に入ったが、構造情報が付与されていなかったとする。 ・化合物数が10や20なら個別に構造を検索しても問題ないだろうが、それが数十、数百にもなるといよいよ面倒になってくる。 ・そこで、ChEMBLの…
・前回、構造からChembl_IDを収集した。 ・Chembl_IDが分かると、ChemblやTargetMineなどで活性情報などを調べやすくなる。 ・今回は、Chembl_IDを使ってChemblで生物活性情報を収集してみた。 ・やったことは、前回とほとんど同じ（以下）。 ・String Manip…
・例えば、化合物の構造だけ与えられて、「これと似たような化合物が、何かの生理活性を測定された報告はあるのかな？」と気になったとする。 ・個別の化合物を検索するのであれば、CHEMBL（以下）などでSmilarityも含めて、アッセイ結果を検索してみるのが…
・前回、Webからデータを取得したものの、コードだけではデータを把握できなかった（下図）。 ・XMLはデータ構造を記述するマークアップ言語の一種であり、適切に形式を変換すれば表として読める。 ・XPathノードでは、構造化されたXMLから要素を抜き出し、…
