KNIME・EXCEL倉庫

KNIMEやEXCELの備忘録です。

・RDKit Fingerprint

【KNIME】化合物だって階層型クラスタリングしてみたい。

・前回に引き続き、化合物を構造でまとめたい。 ・今回は階層型クラスタリングをしてみたい。 ・ワークフローを組んでみた(下図)。 ・流れは以下の通り。 ①SDF読み込み。 ②情報抽出。今回はchembl_id(RowIDに設定)と構造情報だけにした(下図)。 ③Finge…

【KNIME】化合物の類似度をランキングしてみたい。

・化合物の構造を、何らかの形で纏めたいと思った。 ・一つのやり方として、機械的に類似度を算出し、似ている化合物は同じ性質をもつだろうと推測する手法があると思う。 ・例えば、A、B、C、Dの4つの化合物がある場合、Aと一番似ている(A-B、A-C、A-Dの…

【KNIME】化合物を扱いたい。

・KNIMEの使い方は様々にあるが、そのうちで特に発達している利用法の1つにケモインフォマティクスがある。化学情報学や計算化学と日本語訳される学問で、化学物質の性質を情報学の観点から表現・解析・予測する学問らしい。せっかくKNIMEを扱っているので、…