KNIMEとか倉庫

KNIMEやEXCELなどの備忘録です。

・Table Row to Variable

【KNIME】フォルダ中の複数のファイルを統合したい

・化合物を評価していると、諸般の事情で同じ化合物を異なるアッセイ系で評価することがあるし、担当部署やプロジェクトによって評価結果のファイルが個別に構築されることがある。化合物IDは同じだが、保存されているファイルごとに、評価項目がバラバラに…

【KNIME】同じ構造を強調したい。

・先日に引き続き、化合物を少し触ってみたい。例えば共通の構造を分かりやすく表示出来たら面白いな、と思ったので、少し調べてやってみた。 ・今回は、CheMBLから適当にsdfのデータセットを落としてきたので、読み込むのはsdf readerノードで実施した。構…

【KNIME】curve fittingで酵素反応速度論的パラメータを推定してみたい(非線形回帰)。

・酵素反応速度論的解析をする際に、モデルの式に数値を当てはめてパラメータを推定するcurve fittingをやりたかったのだけれど、KNIMEでのやり方が分からなかった。 ・Pythonなら出来そうだったので、KNIMEにPythonを入れ込んで、サンプルデータのfittingを…

【KNIME】Table Column to VariableとTable Row to Variableを覚えたい

・KNIMEでflow variableを扱う際に、Table Creatorで適当に表を作り、Table Column to Variable又はTable Row to Variableで変数化することがある。 ・何故か2分の1以上の確率で間違うので、記事にしておく。 ・適当に表を作って、それぞれで変数化した(下…

【KNIME】Flow VariableでColumn Filter

・Column Filterで表から列を抽出(又は除外)する際に、Flow Variableで列名を指定したい。 ・例えば、左下の表からVariables 1(a)という名前の列を抽出する場合、以下のように組むことがある。 ・この際に、単純に"Column Filter"の"Flow Variables"で”i…