バイオインフォ的な
・お題：遺伝子発現を比較する際に、ヒートマップというカラフルな図をheatmap.2を使って作ってみた。この図では階層型クラスタリングとセットで使われることが多い。図示するだけではなく、階層型クラスタリングの情報も扱ってみたい。 ・正確には、クラス…
・お題：Saccharomyces cerevisiaeの遺伝子のリストを入手したので、GO解析してみたい。 ・org.Sc.sgd.dbというアノテート用のパッケージが配布されているので、clusterprofilerのチュートリアルを参考にやればなんの問題もなくできる、と思っていた。 yulab…
・お題：タンパク質間相互作用ネットワークで、STRINGというのがある。ここからデータをとってきて、グラフを作成し、タンパク質の中心性を算出する。また、データベースから遺伝子の生存必須性データをとってきて、ID変換し、先のタンパク質-中心性の表とく…
・お題：ヒト遺伝子のマウスホモログを探してみたい。 ・共通祖先由来の遺伝子や形態をホモログと呼ぶらしい。また、種分化の際に分岐したホモログをオルソログと呼ぶらしい。言葉の定義がややこしい。以下参考。 bio-and.info ・ヒトでいう●●という遺伝子の…
・お題：データセットによって遺伝子のIDの記載方法が異なることがある。くっつけて解析する際に困るので変換・統一する方法を調べてみたい。 ・biomaRtというパッケージが使えるらしい。公式サイトは以下。 bioconductor.org ・今回参考にするチュートリア…
・お題：バイオインフォマティクスなどのデータを可視化するOSSプラットフォームで、Cytoscapeというやつがあるらしい。Rでこれを弄ってみたい。 ・チュートリアルを探してみたところ、以下のサイトが分かりやすそうだったので、いつものようになぞって勉強…
・お題：バイオインフォマティクスなどのデータを可視化するOSSプラットフォームで、Cytoscapeというやつがあるらしい。Rでこれを弄ってみたい。 ・今回は、前回の続きとして、以下のチュートリアルのVisualizing data on networks以降の内容を進めていく。…
・お題：バイオインフォマティクスなどのデータを可視化するOSSプラットフォームで、Cytoscapeというやつがあるらしい。Rでこれを弄ってみたい。 ・Cytoscapeの公式サイトは以下。本来はソフトウェアとして使用するものらしいけれど、Rで動かすパッケージが…
・お題：タンパク質間相互作用解析をやると、いろいろなことが分かるらしい。RだとSTRINGdbなどのパッケージを使うとできるらしい。やってみたい。 ・例のごとく、チュートリアルをなぞる。今回のチュートリアルは以下。 rpubs.com ・STRINGdbのインストール…
・お題：先日、参考サイトをなぞって大腸菌のネットワークの中心性指標と生存必須性の関係を見てみた。その際は参考サイトで提供されているデータセットを使って実行してみたが、自分でデータセットをとって来るところからやってみたい。 ・今回の参考元サイ…
・お題：ネットワークの大事なところを探すことを、中心性解析と呼ぶらしい。生物の分子機能のネットワークの中心性解析を使うと、生体維持に大切なところを見つけられたりするみたい。ぜひやってみたい。 ・先日ネットワーク解析を学びたいというシリーズの…
・お題：ネットワークの大事なところを探すことを、中心性解析と呼ぶらしい。生物の分子機能のネットワークの中心性解析を使うと、生体維持に大切なところを見つけられたりするみたい。ぜひやってみたい。 ・先日ネットワーク解析を学びたいというシリーズの…
・お題：細胞一つ一つのオミクス情報を解析する手法をシングルセル解析と呼ぶらしい。Seuratというライブラリを使ってやってみたい。 ・私は素人なので、以下のチュートリアルをなぞってみたい。 satijalab.org ・前回、チュートリアルのPCAのヒートマップを…
・お題：細胞一つ一つのオミクス情報を解析する手法をシングルセル解析と呼ぶらしい。Seuratというライブラリを使ってやってみたい。 ・私は素人なので、以下のチュートリアルをなぞってみたい。 satijalab.org ・インストールは以下を参照。 satijalab.org …
・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…
・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…
・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…
・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回はDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…
・お題：どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…
・お題：どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…
・お題：先日の遺伝子発現の解析で、発現が減った・増えた遺伝子群が出てきた。その生物学的解釈を考えるうえで、どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析…
・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、DEG解析の結果を図示したり、サンプ…
・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、遺伝子発現の分布をTMM normalizeし…
・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・元論文は以下。 www.ncbi.nlm.nih.gov ・メスマウスから単…
・お題：前回の続き。Differential expression analysis（DEG）という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…
・お題：前回の続き。Differential expression analysis（DEG）という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…
・お題：前回の続き。Differential expression analysis（DEG）という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…
・お題：前回の続き。Differential expression analysis（DEG）という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…
・お題：病変部と非病変部で何か違うのか調べたいときに、遺伝子発現の違いを調べることがあるらしい。Differential expression analysis（DEG）という解析らしいのだけれど、せっかく生物学を学んでいるのだから、その辺も少し齧ってみたい。 ・私はWet専門…
