・お題：とあるデータをドットプロットで示したい。 ・ライブラリを読み込む。 > library(tidyverse)> library(kableExtra) #ぽりぽりできるグラフを作る ・データセットを作る。 > df <- + data.frame(+ GeneID = c("geneA", "geneB", "geneC"),+ test_rep1…

・お題：WikiPathwaysという生物学的パスウェイのデータベースがあるらしい。エンリッチ解析やパスウェイの図示もできるらしい。RからCytoscapeを介して使ってみたい。 ・なお、私は素人なので、ちゃんとしたことはちゃんとした人に聞いていただきたい。 ・W…

・お題：最近、ggplot2を使っていろいろグラフを作成した。これらを並べてくっつけたい。 ・ggplot2で作成したグラフを並べるパッケージとして、patchworkというのがある。以下を参考に、使い方をメモしたい。正しいことは以下のサイトをご確認いただきたい…

・お題：ggplot2でvolcanoplotを良い感じに描くコマンドをメモしておきたい。 ・EnhancedVolcanoでいいじゃないかといわれるとそうなのだけれど、ggplot2で描きたい。 bioconductor.org ・絶妙にうまいこと自分でカスタムしたいなぁと思っていたところ、以下…

・お題：先日、ggplotで棒グラフを作成した。X軸のラベルを二層にしたい場合があったので、やり方をメモしたい。基本的にはfacetを使う。 ・ライブラリを読み込み、データを作る。 > library(tidyverse)> set.seed(1) > TestComp. <- rep(c("Vehicle", "Comp…

・お題：Rでグラフを描くライブラリとして代表的なものに、ggplot2というのがある。先日使いそうなやつを纏めたけれど、一番使いそうな棒グラフが抜けていた。今回は棒グラフで私が使いそうなやつの例を纏めたい。 ・ライブラリを読み込む。tidyverseにggplo…

・お題：Rでグラフを描くライブラリとして代表的なものに、ggplot2というのがある。苦手で避けてきた。使いそうなやつを纏めて、しのぎたい。 ・ライブラリを読み込む。tidyverseにggplot2が入っているので、tidyverseを読み込む。 > library(tidyverse) ・…

・お題：要素の重なりを視覚的に表現したグラフに、ベン図というのがある。先日、ggVennDiagramというパッケージでベン図を描いてみたが、重なった要素がないところも形式上重なったグラフになっていた。他のパッケージを使ってもうちょっと何とかできるとち…

・お題：要素の重なりを視覚的に表現したグラフに、ベン図というのがある。Rで描いてみたい。 ・いろいろ調べてみると、ggplotベースのggVennDiagramというパッケージが便利っぽい。ベン図を描く他のパッケージとの比較も論文で紹介されていた。今回は、ggVe…

・お題：Tableauという探索的データ解析ツールがあるらしい。PandasのDataFrameを使ってTableuっぽくグラフを描くパッケージでPyGWalkerというやつがあるらしい。Tableauは有料っぽいので、PyGWalkerを使ってみたい。 ・PyGWalkerのGitHubは以下。正しいこと…

・お題：似た実験をしたところ、2つのデータセットを得た。それぞれからネットワークを作成したところ、どうやら被っているところと違うところがあるらしい。これらを可視化したい。 ・networkxの公式サイトを参考にした。正しくはそちらを参照いただきたい…

・お題：先日、ネットワークの図を描いてみた。たくさんあるノードの中で、どれが大事っぽいのか推定してみたい。 ・大事さと私がイメージしていることは、ネットワーク界隈では中心性と呼ぶらしい。私の「大事さ」はぼんやりとしたイメージだけれど、「中心…

・お題：ネットワークを描いたところ、なんだがゴチャっとしている。どのノード同士がまとまった集団を形成しているのか、コミュニティを抽出してみたい。 ・ネットワークの中にある局所的に繋がりが密な集団をコミュニティと呼ぶらしく、ネットワークの中か…

・お題：いろいろな変数の数値データが入った表を入手した。変数の相関関係からグラフを描きたい。 ・やりたいことは先日と同じだけれど、今回はnetworkxの描画をもう少し工夫してみた。以下のサイトを参考にさせて頂いた。 qiita.com ・とりあえず、データ…

・お題：それぞれの変数に関して、相関係数をもとに、ネットワーク図を描いてみたい。 ・変数間の相関係数をもとにネットワークを描くことがあるらしい。偽相関の懸念や因果関係を表すわけではないなどの注意点があるが、せっかくなのでやってみたい。 ・と…

・お題：先日、networkxを使ってエッジリストからネットワーク図を描いてみた。エッジが見づらいことがあったので、インタラクティブにグラフを動かせるようにしたい。 ・調べてみると、pyvisというライブラリでインタラクティブなネットワークグラフを描け…

・お題：どのノードからどのノードにエッジが伸びているかと、そのエッジのウェイトが入っている表（エッジリスト）を入手した。ここから、ネットワーク図を描いてみたい。 ・neoworkxを利用した。 networkx.org ・まずはエッジリストを適当に作成する。 imp…

・お題：先日、画像を散布図上に表示したが、プロットが多いとどうしても画像とプロットが被ってしまい、とても見づらい。プロットにカーソルを合わせると画像がホバーする仕様にしたい。 ・以下のサイトを参考にさせて頂いた。正しいことは以下のサイトをご…

・お題：散布図を描いたところ、画像をデータとして反映させたくなった。矢印で散布図に対応する画像を表示させたい。 ・画像はIcooonmonoから拝借した。png画像として落とし、ワーキングディレクトリに保存した。 icooon-mono.com ・画像情報を矢印で追加す…

・お題：いろいろなモノの関係を視覚的に表現したグラフに、ネットワークグラフというのがあるみたい。なんだかカッコいいので、作ってみたい。 ・networkxというライブラリを使った。正しいことは公式サイトを参照していただきたい。インストールは割愛。 n…

・お題：先日、英語の文章をそれっぽく画像にするワードクラウドで遊んだ。今回は、日本語でワードクラウドしてみたい。 ・先日のライブラリ（wordcloud）に日本語の文章を放り込んでも、なんだか思ったようにいかなかったので、ちょっといろいろ弄って日本…

・お題：文章中の単語を並べて表現した画像をワードクラウドというらしい。おしゃれなので、ちょっとやってみたい。 ・今回使ったのは、wordcloudというライブラリ。まずはwordcloudをインストールする。正しいことは以下を参照いただきたい。 amueller.gith…

・お題：表からインタラクティブにグラフを作りたい。 ・あれから追加で調べてみたところ、pivottablejsというライブラリはJupyter Labで使えるし多機能かつ直感的な操作が可能みたいだったので、試してみた。 ・とりあえず、pivottablejsをインストール。 …

・お題：表からインタラクティブにグラフを作りたい。 ・pixiedustというライブラリを使ってみた。正しいことは以下をご確認いただきたい。 pixiedust.github.io ・とりあえず、pixiedustをインストールした。試しにインポートしたところ、jinja2でエラーが…

・お題：indexにサンプル名、Xにx軸データ、Yにy軸データが入ったpandasのDataFrameを入手した。これで散布図を描きたいのだが、カーソルをプロットに乗せるとサンプル名とx,yの情報が出るようなインタラクティブな仕様にしたい。 ・PythonのDash（というかp…

・お題：Pythonでベン図を描画したい。今回は、要素も分かるように表示したい。 ・以前、Pythonでベン図を描いた。ただし、デフォルトの設定だと要素数は表示されるが、要素自体はよく分からない。ということで、要素を表示してみた。 ・今回は、動物園を作…

・お題：決定木を、dtreevizというライブラリで、分かりやすく可視化したい。 ・決定木は判断根拠が分かりやすいアルゴリズムで、最終的な分類結果だけではなく、その判断プロセスを確認できる点で重宝されることが多い。 ・例えばIrisデータセットを決定木…

・お題：pandasのDataFrameで得られた連続変数に関して、columnごとの相関係数を求めて、ヒートマップを作成したい。 ・とりあえず、データセットを作成する。 import numpy as npimport pandas as pddf=pd.DataFrame(np.random.random(20).reshape(5,4), co…

・お題：A、B、C及びDの4つの試験条件で、実験をしたところ、10個ずつデータを得ることができた。各試験条件ごとに、平均値を棒グラフで示し、ついでに個別値もプロットしたい。 ・これまでEXCELで似たようなことをやっていたが、jitterの設定ができず、個別…

・お題:いろいろなヒストグラムを分かりやすく並べて描画したい。 ・ヒストグラムは分布をみるのに便利だけれど、たくさん描くと見づらくなってしまう。そこで、良い感じに複数のヒストグラムを並べて描画できないか、少し調べてみた。 ・とりあえず、データ…