KNIMEとか倉庫

KNIMEやEXCELなどの備忘録です。

可視化

【Python】平均値の棒グラフに個別値もプロットしたい

・お題:A、B、C及びDの4つの試験条件で、実験をしたところ、10個ずつデータを得ることができた。各試験条件ごとに、平均値を棒グラフで示し、ついでに個別値もプロットしたい。 ・これまでEXCELで似たようなことをやっていたが、jitterの設定ができず、個別…

【Python】複数のヒストグラムをいい感じに並べたい

・お題:いろいろなヒストグラムを分かりやすく並べて描画したい。 ・ヒストグラムは分布をみるのに便利だけれど、たくさん描くと見づらくなってしまう。そこで、良い感じに複数のヒストグラムを並べて描画できないか、少し調べてみた。 ・とりあえず、データ…

【Python】ベン図を描きたい

・お題:ベン図を描きたい。細かい設定なしで、集合を放り込むだけで、勝手にベン図を描いてくれると尚良い。 ・少し調べてみたところ、ベン図を描画できるライブラリがあった。matplotlib-vennというライブラリ。pip install matplotlib-vennでインストール…

【KNIME】構造情報を一覧で見やすくしたい

・先日、Tile Viewで情報を見やすく成型したが、構造情報をうまく表示することができなかった。 ・Tile Viewは対応するセルの情報をカードに出力してくれるのだから、画像データをそのまま渡せばよいのでは?と思って調べたところ、SMILESの構造情報を画像と…

【Python】データを一気に眺めたい

・お題:データを眺めるのに、グラフを一つ一つ作成するのが面倒なので、一気に作成したい。 ・データを扱うすごい人は、データを入手した際に、データの特徴を把握するためにいろいろな角度から眺めるらしい。これは探索的データ分析(EDA)と呼ばれ、とて…

【Python】綺麗なグラフを簡単に作りたい。

・お題:綺麗なグラフを簡単に作成し、データの分布や関係を見たい。 ・ややこしいコマンドを書かず、とにかく綺麗なグラフで変数の関係を一目で分かるようにしたい。一つ一つのグラフを作成するなら、seabornというライブラリがとても便利。聞きなれないプ…

【Python】動くグラフを作りたい

・お題:動くsinカーブのグラフを作成したい。 ・少し調べてみたところ、matplotlib.animationのArtistAnimationとFuncAnimationという機能でグラフを動かせるらしい。 ・まずArtistAnimationを使う。こちらは、紙芝居形式で、グラフを次々と表示させること…

【Python】グラフを描きたい

・お題:y=sinXとy=cosXのグラフを描きたい。 ・「python グラフ」などで検索すれば情報がたくさん出てくる。しかし、素養のない私のような人間は、すぐにやり方を忘れてしまうし、思い出すにも時間がかかる。そこで、ミニマムパッケージのグラフの書き方を…

【KNIME】化合物だって階層型クラスタリングしてみたい。

・前回に引き続き、化合物を構造でまとめたい。 ・今回は階層型クラスタリングをしてみたい。 ・ワークフローを組んでみた(下図)。 ・流れは以下の通り。 ①SDF読み込み。 ②情報抽出。今回はchembl_id(RowIDに設定)と構造情報だけにした(下図)。 ③Finge…

【KNIME】棒グラフに色を付けたい。

・散布図はcolor managerノードで簡単に色を付けることができたが、棒グラフ(Bat Chart)のカラムに色を付ける方法が分からなかった。 ・少し癖があったので、メモしておく。 ・以下のようなフローを組んだ。 ・左のウィンドウはTable Creatorの中身。各列…

【KNIME】多変量データをt-sneで可視化したい

・多変量データを可視化する方法には様々あるが、今回はt-sneという手法を試してみたい。ティーズニーと読むらしい。 ・t-SNE (t-distribution Stochastic Neighbor Embedding)は、データ間の距離(類似性)を保持したまま、低次元化する手法だそうだ。・距…

【KNIME】Spectral Clusteringでクラスタリングしたい。

・先日KNIMEでk-meansクラスタリングなどを実施してみた。k-meansクラスタリングの特徴は、プロットした空間中で中心から距離をベースに考えるところで、要は2次元グラフ上なら丸く分布していないと綺麗に分けることができない。 ・歪んだ分布の場合、Spectr…

【KNIME】階層型クラスタリングに使う距離情報を読み込みたい。

・データ間の距離情報のみを得た場合に、階層型クラスタリグを適用したい。 ・そこで、距離情報を読み込んで階層型クラスタリングに適用してみたい。 ・サンプルデータとして、10個のポイントの相互距離を用いた(下図)。 ・これを三角行列風の表に加工し、…

【KNIME】周期性を見てみたい。

・時系列データの解析手法として、トレンド解析及びトレンド除去後の周期性の解析というのが一般的に用いられるらしい。 ・時系列データの解析を実施してみたいと思って最初に思いついたのが、気温のデータだった。気温のデータは、気象庁のHPからcsvでダウ…

【KNIME】円グラフの色も綺麗に塗りたい

・先に、散布図のプロットを綺麗に塗り分けたが、円グラフも綺麗に塗り分けたいと思った。 ・これもColor ManagerでRowにつけた色で塗ることができるのだが、Scatter Plotとは違ってデフォルトでは駄目らしい。 ・Pie/Donut Chartノードの設定を少し弄り、Us…

【KNIME】関数でグラフを描きたい。

・関数でグラフを描く方法が分からなかったので、少し調べてワークフローを作成した(下図)。 ・工程としては、 ① 適当な表を作成(データは何でも良い。列名はXでデータ型はDouble) ② 空の行を追加(例えば100行。下図) ③ 行番号を抽出して10で割って、0…

【EXCEL】マクロを使わずに、グラフのプロットの色を一気に真っ黒に変更したい。

・EXCELのグラフのプロットを一括で黒にを揃えたい場面があった。 ・マクロを使わない手法を少し考えてみたので、記録しておく。今回やりたいのは、下の図のプロットをすべて真っ黒に変更する、というもの。 ・まず、「ページレイアウト」タブの左上にある「…

【KNIME】散布図のプロットの色を綺麗に塗りたい

・散布図のプロットを良い感じの色合いで表現したい場合がある。 ・例えば、ある変数AとBを軸に取った散布図を描いた際に、更に別の変数Cをプロットの色の違いで表現したい場合など。 ・そのような場合には、Color Managerというノードが役に立つ。 ・Table …

【KNIME】散布図のいろいろ

・KNIMEで散布図を描く際に、ノードを"scatter"で検索すると、いくつも引っ掛かった。それぞれどう違うのか、メモしておく。 ・適当なTableを作成し、Scatter Plotノードを3種類くっつけてRunしてみた(下図)。 ・グラフを表示するには、散布図ノードを右ク…

【KNIME】シルエット図を描きたい。

・シルエット図を描きたくて、少し調べてみた。 ・以下の構成で、それっぽいグラフを描くことができた。ちなみに、k=3で、直観的にはそこそこ綺麗に分けられる筈。 ・少々癖があるのがBar Chartノードで、デフォルトだと垂直グラフなので、水平グラフにする…