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KNIME、EXCEL、R、Pythonなどの備忘録

2023-08-01から1ヶ月間の記事一覧

【R】data.frameの列名を綺麗にしたり集計したい

・お題:スプレッドシートで作った表をRにデータフレームとして読み込んだら、列名が変で扱いづらい。うまいこと修正したい。 ・janitorというパッケージを使う。正しいことは以下を参照いただきたい。インストールは割愛。 https://cran.r-project.org/web/…

【R】クリップボードから読み込んだりしたい

・お題:クリップボードのデータを読み込んだり、クリップボードに結果を出力したりしたい。 ・EXCELなどの表をクリップボードにコピーした。 ・クリップボードをdata.frameとして読み込むには、read.tableで'clipboard'を指定すれば良い。> test1 <- read.t…

【R】複数項目含まれている列をうまいこと分けたい

・お題:データフレームを入手したところ、ある列の項目が一つの場合だけではなく、複数の項目をカンマで区切って繋げている場合があった。行を複製して要素をばらけさせたい。 ・何かのライブラリの関数でスパッとうまくような気もするが、該当するライブラ…

【R】NCBIからデータをとってきたい

・お題:NCBIからデータをとってきたい。Rで自動化できると嬉しい。 ・Rを使ってNCBIからデータをとって来るライブラリを調べてみると、rentrezというライブラリを見つけた。正しいことはそちらをご覧いただきたい。 cran.r-project.org ・あまりにアクセス…

【R】wikipathwayでエンリッチ解析してみたい。

・お題:WikiPathwaysという生物学的パスウェイのデータベースがあるらしい。エンリッチ解析やパスウェイの図示もできるらしい。RからCytoscapeを介して使ってみたい。 ・なお、私は素人なので、ちゃんとしたことはちゃんとした人に聞いていただきたい。 ・W…

【R】データフレームの行や列の順番を変えたい

・お題:データフレームの行や列の順番を変えたい ・データフレームを作成する。 > df = data.frame(A = c(1.1, 2.1, 3.1, 4.1, 5.1),+ B = c(1.2, 2.2, 3.2, 4.2, 5.2),+ C = c(1.3, 2.3, 3.3, 4.3, 5.3),+ D = c(1.4, 2.4, 3.4, 4.4, 5.4),+ E = c(1.5, 2.…

【R】Dose Response Curveしてみたい

・お題:何らかの反応の阻害に関して、96穴ベースのアッセイで結果を得た。50%阻害濃度などを求めてみたい。 ・なお、当方は専門家でもなんでもないので、解析が正しいかは分からない。 ・適当にデータを作った。今回はEXCELフォーマットを読み込んで試験物…

【R】Fittingしてみたい

R

・お題:データが出たので、Fittingしてみたい。 ・とりあえずデータセットを作成する。 >library(tidyverse) > set.seed(1)> X = seq(0, 10, length = 11)> Y = (X - 1)*(X - 5)*(X - 8)> d1 = rnorm(11, mean = 0, sd = 10)> Y = Y + d1> df1 = data.frame…

【R】簡単にダイアログを表示したい

・お題:ダイアログを表示してぽちぽち選択できるようにしたい。 ・shinyというパッケージを使うといろいろなGUIを作成できるらしいのだけれど、いかんせん構文が理解できないので、もっと簡単に、もっとシンプルなダイアログを利用することを考える。 ・例…