KNIMEとか倉庫

KNIMEやEXCELなどの備忘録です。

分子生物学的な

【Python】指定長のランダムな塩基配列を作成したい。

・最近Pythonを勉強し始めたので、Pythonに関するメモ記事も書いていこうと思う。 ・Pythonは全く初心者で、お作法など全く分からないので悪しからず。 ・お題:特定の長さのランダムな塩基配列を作成する関数を作成したい。 ・例えば一塩基ずつ区切られたリ…

【KNIME】KNIMEで逆相補鎖、翻訳、分子量、等電点を算出してみたい(python)。

・KNIMEで分子生物学的なワークフローを構築しようと思ったが、いまひとつしっくりこない。翻訳ワークフローのように、頑張って組むのも不可能ではなさそうだが、何とかならないか。 ・pythonで何とかなりそうなので、pythonを入れ込んでバイオしてみた。 ・…

【KNIME】curve fittingで酵素反応速度論的パラメータを推定してみたい(非線形回帰)。

・酵素反応速度論的解析をする際に、モデルの式に数値を当てはめてパラメータを推定するcurve fittingをやりたかったのだけれど、KNIMEでのやり方が分からなかった。 ・Pythonなら出来そうだったので、KNIMEにPythonを入れ込んで、サンプルデータのfittingを…

【KNIME】酵素阻害0-100%を固定してFittingしたい。

・先日、プレートリーダーから得たデータを用いて4パラメーターロジスティック曲線(正確には4パラメータ logロジスティック曲線)にFittingして、IC50を求めてみた。 ・4パラメーターロジスティック曲線は、4つのパラメーターで定義される曲線で、S字カーブ…

【KNIME】プレートリーダーのデータを解析したい(Rの利用)。

・先日の続きで、プレートリーダーのデータを解析して、IC50(50%反応阻害濃度)などを求めてみたい。 ・デフォルトのKNIMEの機能では目的の解析が難しいので、ExtensionのHTS Toolsをインストールする。Extensionは下図のFile⇒install KNIME Extensions...…

【KNIME】プレートリーダーのデータを整理したい。

・生物系の実験で、プレートリーダーで得られたデータを解析することで、試験物質のin vitro活性を評価することがしばしばある。 ・KNIMEでこの解析が自動化できないか調べてみたところ、ExtensionのCommunityノードで、HCS Toolというものがあった。これを…

【KNIME】塩基配列をアミノ酸配列に翻訳したい

・興味で、塩基配列をアミノ酸配列に翻訳するワークフローを作成した(下図)。 ・正直、かなりくどい構成になった。 ・入力は、塩基配列とデフォルトのコドン対応表で、出力は3フレームそれぞれのアミノ酸配列をくっつけた表にした(下図)。 ・ワークフロ…