・全角と半角が混在している文字列があったとする。 ・表記の揺れは小さい方が良いので、KNIMEでこの揺れを半角か全角のどちらかに揃えたいと思ったのだが、やっぱりやり方が分からなかった。 ・そこで、Python Scriptノードを使って、Pythonで実装してみた…

・KNIMEでいろいろ扱っていると、特定の条件を満たすセルのデータを消したくなることがある。例えば、数値データばかりのところに、よくわからないアルファベットを含む文字列が混ざっている場合など。 ・こういう場合、文字列を含むセルをmissingにしたいが…

・先日、化合物の記述子をRDKitを使って算出した。この方法で、記述子を100個強得ることができたが、もっと得たい。 ・Pythonも含めて調べてみると、mordredというライブラリを利用するのが良さそうだった。mordredに関しては、以下を参照。 github.com ・ま…

・KNIMEで分子生物学的なワークフローを構築しようと思ったが、いまひとつしっくりこない。翻訳ワークフローのように、頑張って組むのも不可能ではなさそうだが、何とかならないか。 ・pythonで何とかなりそうなので、pythonを入れ込んでバイオしてみた。 ・…

・先日KNIMEでk-meansクラスタリングなどを実施してみた。k-meansクラスタリングの特徴は、プロットした空間中で中心から距離をベースに考えるところで、要は2次元グラフ上なら丸く分布していないと綺麗に分けることができない。 ・歪んだ分布の場合、Spectr…

・酵素反応速度論的解析をする際に、モデルの式に数値を当てはめてパラメータを推定するcurve fittingをやりたかったのだけれど、KNIMEでのやり方が分からなかった。 ・Pythonなら出来そうだったので、KNIMEにPythonを入れ込んで、サンプルデータのfittingを…

・教師あり学習に使うモデルを決めるために、PythonのライブラリPycaretをKNIMEで実行してみた。 ・まず、先日作成したPythonの仮想環境にPycaretを入れようとインストールしようとしたが、上手くいかなかった。 ・knimeenvを作成した際にconda create -n kn…

・KNIMEにはデータ分析に関連する様々な機能が搭載されており、Extensionを用いることにより、PythonやRなどを動かすこともできる。 ・少し解析をやっていて、Pythonを回したいシチュエーションに出くわした。それならPythonだけで十分じゃないかという話は…