KNIME・EXCEL倉庫

KNIMEやEXCELの備忘録です。

【KNIME】化合物の共通構造と異なる構造を分かりやすくしたい。

有機化学の基本的な考え方として、「似たような構造を持っている化合物は似たような活性を持つ」というものがある。一方で、化合物はそれぞれに異なる活性を持つことも事実と思う。

・どこでその差が出るのか考えるときに役に立つのが、「どこが同じでどこが違うのか?」という観点だろう。Matched Molecular Pairs解析(MMP解析)とか呼ばれたりする。これは、単なる類似度とは異なる示唆を化合物に与えることができる。

・KNIMEでMMPを探索してみると、以下のような感じになった(下図。左の表は入力した構造情報)。

f:id:choron81:20220216230727p:plain

・MMP Molecule Fragment (RDKit)ノードの設定と出力は以下の通り。

f:id:choron81:20220216230904p:plain

f:id:choron81:20220216230947p:plain

・この情報を使って、ペアを探索した。Fragments to MMPsノードの設定と出力は、以下の通り(抜粋)。

f:id:choron81:20220216231043p:plain

f:id:choron81:20220216231258p:plain

・なんだかそれっぽくなった。

 

終わり。