KNIME・EXCEL倉庫

KNIMEやEXCELの備忘録です。

・SDF Reader

【KNIME】SMILESを前処理したい

・化合物の構造情報を使って色々解析する際に、前処理をしたい場合がある。 ・例えば、SDFをSMILESに変換するのであれば、SDF ReaderとRDKit Canon SMILESで何とかなる。 ・今回は、このSMILESを更にKNIMEで前処理するにはどうすれば良いか、少し調べてみた…

【KNIME】化合物だって階層型クラスタリングしてみたい。

・前回に引き続き、化合物を構造でまとめたい。 ・今回は階層型クラスタリングをしてみたい。 ・ワークフローを組んでみた(下図)。 ・流れは以下の通り。 ①SDF読み込み。 ②情報抽出。今回はchembl_id(RowIDに設定)と構造情報だけにした(下図)。 ③Finge…

【KNIME】化合物の類似度をランキングしてみたい。

・化合物の構造を、何らかの形で纏めたいと思った。 ・一つのやり方として、機械的に類似度を算出し、似ている化合物は同じ性質をもつだろうと推測する手法があると思う。 ・例えば、A、B、C、Dの4つの化合物がある場合、Aと一番似ている(A-B、A-C、A-Dの…

【KNIME】sdfファイルから化合物の情報を抜き出したい。

・先日、化合物をKNIMEで扱ってみた。 ・化合物の構造ファイルとして、いろいろな記述法があり、中でもSMILESとSDFはよく見かける。 ・SMILESの特徴は、1次元の文字列の配列であり、記述自体がシンプルであること。SDFの特徴は、化合物の構造以外の情報も盛…

【KNIME】同じ構造を強調したい。

・先日に引き続き、化合物を少し触ってみたい。例えば共通の構造を分かりやすく表示出来たら面白いな、と思ったので、少し調べてやってみた。 ・今回は、CheMBLから適当にsdfのデータセットを落としてきたので、読み込むのはsdf readerノードで実施した。構…