・Distance Matrix Caliculate
KNIME
化学的な
可視化
クラスタリング
・SDF Reader
・RDKit Fingerprint
・Distance Matrix Caliculate
・Hierarchical Cluster View
・Hierarchical Clustering (DistMatrix)
・Hierarchical Cluster Assigner (local)
・前回に引き続き、化合物を構造でまとめたい。 ・今回は階層型クラスタリングをしてみたい。 ・ワークフローを組んでみた(下図)。 ・流れは以下の通り。 ①SDF読み込み。 ②情報抽出。今回はchembl_id(RowIDに設定)と構造情報だけにした(下図)。 ③Finge…
KNIME
機械学習
化学的な
・File Reader
・Molecule Type Cast
・RDKit Fingerprint
・Fingerprint Similarity
・Distance Matrix Caliculate
・KNIMEの使い方は様々にあるが、そのうちで特に発達している利用法の1つにケモインフォマティクスがある。化学情報学や計算化学と日本語訳される学問で、化学物質の性質を情報学の観点から表現・解析・予測する学問らしい。せっかくKNIMEを扱っているので、…