KNIME・EXCEL倉庫

KNIMEやEXCELの備忘録です。

・CSV Reader

【KNIME】ParameterをOptimizeしたい。

・機械学習のハイパーパラメータを最適化したいと思って調べてみたところ、以下のKNIME Hubの記事が参考になりそうだった。 hub.knime.com ・まず、Parameter Optimization関連のノードを使うためには、Extensionをインストールする必要がある(以下)。 ・…

【KNIME】Cross Validationしてみたい。

・モデルの汎化性能を評価する目的で、交差検証(Cross Validation)してみようと思った。 ・通常、機械学習の際には、データを学習用とテスト用に分割する。Cross Validationでは、これを何度も実施して、予測性能を検証することになる。例えば、学習用デー…

【KNIME】Chembl_IDから活性情報を収集したい

・前回、構造からChembl_IDを収集した。 ・Chembl_IDが分かると、ChemblやTargetMineなどで活性情報などを調べやすくなる。 ・今回は、Chembl_IDを使ってChemblで生物活性情報を収集してみた。 ・やったことは、前回とほとんど同じ(以下)。 ・String Manip…

【KNIME】化合物のChembl_IDをSMILESから引っ張ってきたい。

・例えば、化合物の構造だけ与えられて、「これと似たような化合物が、何かの生理活性を測定された報告はあるのかな?」と気になったとする。 ・個別の化合物を検索するのであれば、CHEMBL(以下)などでSmilarityも含めて、アッセイ結果を検索してみるのが…

【KNIME】周期性を見てみたい。

・時系列データの解析手法として、トレンド解析及びトレンド除去後の周期性の解析というのが一般的に用いられるらしい。 ・時系列データの解析を実施してみたいと思って最初に思いついたのが、気温のデータだった。気温のデータは、気象庁のHPからcsvでダウ…