・お題：先日の記事で作成したテキストを、読み上げライブラリを使って読み上げたい。また、読み上げデータをgoogle driveに保存したい。 ・gTTSというライブラリを使った。pyttsx3というライブラリも試してみたが、gTTSの方が良い感じに読んでくれたように…

・お題：Pythonから英文を投げて、まとめて日本語にしてもらいたい。 ・ChatGPTはOpenAIというところが開発した対話型AIで、質問に答えてくれたり、言葉でできるお願いをかなえてくれたりするらしい。 ・今回でいうと、「以下の英語を箇条書き3点で要約して…

・お題：Pythonで環境構築して、Pubmedから論文情報をとってきたい。 ・まずはAnaconda Promptで環境構築した。すぐに忘れるので、メモしておく。 #python=3.10で環境構築conda create -n kikitai python=3.10 #仮想環境に入るactivate kikitai #ライブラリ…

・お題：最近、タブレットで論文を読むと目の奥がなんだか重く感じる。しんどいので、論文を音声で聞けるようにしたい。 ・いろいろな記事を見て、なんとなくこういう流れで行けばできるんじゃないかと思ったので、やってみる。少し長くなりそうなので、今回…

・お題：リストの使い方が分からないので、メモしておきたい。 ・リストは、形式の異なるデータを詰め込めるデータ構造のこと。使うたびにググっていたので、少しまとめたい。 ・とりあえずデータを作る。 > library(tidyverse) #Rを便利に使うパッケージ > …

・お題：遺伝子発現を比較する際に、ヒートマップというカラフルな図をheatmap.2を使って作ってみた。この図では階層型クラスタリングとセットで使われることが多い。図示するだけではなく、階層型クラスタリングの情報も扱ってみたい。 ・正確には、クラス…

・お題：とあるデータをドットプロットで示したい。 ・ライブラリを読み込む。 > library(tidyverse)> library(kableExtra) #ぽりぽりできるグラフを作る ・データセットを作る。 > df <- + data.frame(+ GeneID = c("geneA", "geneB", "geneC"),+ test_rep1…

・お題：Saccharomyces cerevisiaeの遺伝子のリストを入手したので、GO解析してみたい。 ・org.Sc.sgd.dbというアノテート用のパッケージが配布されているので、clusterprofilerのチュートリアルを参考にやればなんの問題もなくできる、と思っていた。 yulab…

・お題：元ベクトルに対応するように色を振ったベクトルを作りたい。 ・やることは、元ベクトルをファクター化して、色のベクトルから要素をとって来るような感じ。 > ori <- c("1","1","2","3","3") #元ベクトルを設定 > iro <- c("red", "blue", "yellow")…

・お題：piと言えば円周率が割り当てられているように、アルファベットや月名を呼び出したい。 ・Rにはもともと割り当てられている変数がある。アルファベットや月名は、以下が割り当てられているのでメモしておきたい。 > LETTERS #大文字アルファベット [1…

・お題：スプレッドシートで作った表をRにデータフレームとして読み込んだら、列名が変で扱いづらい。うまいこと修正したい。 ・janitorというパッケージを使う。正しいことは以下を参照いただきたい。インストールは割愛。 https://cran.r-project.org/web/…

・お題：クリップボードのデータを読み込んだり、クリップボードに結果を出力したりしたい。 ・EXCELなどの表をクリップボードにコピーした。 ・クリップボードをdata.frameとして読み込むには、read.tableで'clipboard'を指定すれば良い。> test1 <- read.t…

・お題：データフレームを入手したところ、ある列の項目が一つの場合だけではなく、複数の項目をカンマで区切って繋げている場合があった。行を複製して要素をばらけさせたい。 ・何かのライブラリの関数でスパッとうまくような気もするが、該当するライブラ…

・お題：NCBIからデータをとってきたい。Rで自動化できると嬉しい。 ・Rを使ってNCBIからデータをとって来るライブラリを調べてみると、rentrezというライブラリを見つけた。正しいことはそちらをご覧いただきたい。 cran.r-project.org ・あまりにアクセス…

・お題：WikiPathwaysという生物学的パスウェイのデータベースがあるらしい。エンリッチ解析やパスウェイの図示もできるらしい。RからCytoscapeを介して使ってみたい。 ・なお、私は素人なので、ちゃんとしたことはちゃんとした人に聞いていただきたい。 ・W…

・お題：データフレームの行や列の順番を変えたい ・データフレームを作成する。 > df = data.frame(A = c(1.1, 2.1, 3.1, 4.1, 5.1),+ B = c(1.2, 2.2, 3.2, 4.2, 5.2),+ C = c(1.3, 2.3, 3.3, 4.3, 5.3),+ D = c(1.4, 2.4, 3.4, 4.4, 5.4),+ E = c(1.5, 2.…

・お題：何らかの反応の阻害に関して、96穴ベースのアッセイで結果を得た。50%阻害濃度などを求めてみたい。 ・なお、当方は専門家でもなんでもないので、解析が正しいかは分からない。 ・適当にデータを作った。今回はEXCELフォーマットを読み込んで試験物…

・お題：データが出たので、Fittingしてみたい。 ・とりあえずデータセットを作成する。 >library(tidyverse) > set.seed(1)> X = seq(0, 10, length = 11)> Y = (X - 1)*(X - 5)*(X - 8)> d1 = rnorm(11, mean = 0, sd = 10)> Y = Y + d1> df1 = data.frame…

・お題：ダイアログを表示してぽちぽち選択できるようにしたい。 ・shinyというパッケージを使うといろいろなGUIを作成できるらしいのだけれど、いかんせん構文が理解できないので、もっと簡単に、もっとシンプルなダイアログを利用することを考える。 ・例…

・お題：最近、ggplot2を使っていろいろグラフを作成した。これらを並べてくっつけたい。 ・ggplot2で作成したグラフを並べるパッケージとして、patchworkというのがある。以下を参考に、使い方をメモしたい。正しいことは以下のサイトをご確認いただきたい…

・お題：ggplot2でvolcanoplotを良い感じに描くコマンドをメモしておきたい。 ・EnhancedVolcanoでいいじゃないかといわれるとそうなのだけれど、ggplot2で描きたい。 bioconductor.org ・絶妙にうまいこと自分でカスタムしたいなぁと思っていたところ、以下…

・お題：先日、ggplotで棒グラフを作成した。X軸のラベルを二層にしたい場合があったので、やり方をメモしたい。基本的にはfacetを使う。 ・ライブラリを読み込み、データを作る。 > library(tidyverse)> set.seed(1) > TestComp. <- rep(c("Vehicle", "Comp…

・お題：Rでグラフを描くライブラリとして代表的なものに、ggplot2というのがある。先日使いそうなやつを纏めたけれど、一番使いそうな棒グラフが抜けていた。今回は棒グラフで私が使いそうなやつの例を纏めたい。 ・ライブラリを読み込む。tidyverseにggplo…

・お題：Rでグラフを描くライブラリとして代表的なものに、ggplot2というのがある。苦手で避けてきた。使いそうなやつを纏めて、しのぎたい。 ・ライブラリを読み込む。tidyverseにggplot2が入っているので、tidyverseを読み込む。 > library(tidyverse) ・…

・お題：表の情報を参照して、新たな列を作成したい。 ・いくつかやってみる。とりあえず表を作成する。 > library(tidyverse)> > df <- data.frame("Sei" = rep(c("Suzuki", "Tanaka", "Sato"), times = 4),+ "Mei" = rep(c("Taro", "Jiro", "Saburo", "Han…

・お題：タンパク質間相互作用ネットワークで、STRINGというのがある。ここからデータをとってきて、グラフを作成し、タンパク質の中心性を算出する。また、データベースから遺伝子の生存必須性データをとってきて、ID変換し、先のタンパク質-中心性の表とく…

・お題：要素の重なりを視覚的に表現したグラフに、ベン図というのがある。先日、ggVennDiagramというパッケージでベン図を描いてみたが、重なった要素がないところも形式上重なったグラフになっていた。他のパッケージを使ってもうちょっと何とかできるとち…

・お題：サンプルデータを作成する際に、適当にベクトルを作成したいことがある。私は覚えが悪いので毎回ググっているが、面倒なのでメモしておきたい。 ・決められた文字（列）からベクトルを作成する。 ・ABCDABCDにする。 > rep(c("A", "B", "C", "D"), t…

・お題：要素の重なりを視覚的に表現したグラフに、ベン図というのがある。Rで描いてみたい。 ・いろいろ調べてみると、ggplotベースのggVennDiagramというパッケージが便利っぽい。ベン図を描く他のパッケージとの比較も論文で紹介されていた。今回は、ggVe…

・お題：ベクトルやリストの要素には、名前を付けることができる。名前から要素を釣ってくるのが通常だけれど、今回は要素から名前を釣ってきたい。 ・例えば、名前付きのベクトルを作ってみる。 > vec1 <- c(1, 2, 3, 4)> names(vec1) <- c("A", "B", "C", …