・今回は、windowsでcondaを使ってPythonの仮想環境を構築したい。 ・Anacondaだと無償で使うのに条件があって、Minicondaだとデフォルトのチャンネルが良くないらしい。Miniforgeであれば無料で使えてデフォルトがconda-forgeなので、Miniforgeでcondaを使…

・お題：condaでRStudioの環境を作ってみたい。 ・ズブの素人なので間違っていたら生暖かく見てほしい。 ・なお、ubuntuというよりcondaの話なのだけれど、ubuntuでやったのでなんとなくタイトルにubuntuを入れてみた。 ・ condaで環境を作る。 conda create…

・お題：遺伝子発現をR studio serverで構築するsifを作成するのが面倒なので、sifを構するdefファイルを作りたい。 ・私は素人なので、間違っていても生暖かく見守ってほしい。 ・apptainerでは、sifファイルから環境を立ち上げる。sifファイルはdocker ima…

・お題：すごい人たちは、コンテナというもので仮想環境を作ってうまいこと解析を回しているらしい。apptainerというソフトが計算科学の分野でよく使われるらしいので、これでR studio serverを立ててみたい。 ・前置き（言い訳）として、私はズブの素人なの…

・お題：terminalで起動できる簡単なプログラムのファイルを作成してみたい。 ・私はど素人なので、間違っていても生暖かく見守っていただきたい。 ・ubuntuでよく使われるのが、bashというプログラムソフト（？）らしい。適当なテキストファイルにbashのコ…

・お題：ubuntuのterminalの基本的な操作をすぐ忘れるので、メモしておく。 ・terminalを立ち上げる。↓で立ち上げると、/home/ユーザー名がカレントディレクトリになる。 ctrl + alt + t ・適当なディレクトリで右クリックして「端末で開く」を選択すると、…

・お題：遺伝子発現データセットを入手した。遺伝子発現データのパターンを俯瞰するために、PCAで次元削減してサンプル間の関係を可視化したり、ヒートマップを作成して遺伝子発現のパターンを可視化したい。 ・今回題材にしたのは、GSE269178という遺伝子発…

・お題：ubuntu環境をいじりたくなったので、外付けSSDにubuntu環境を構築したい。 ・すぐにやり方を忘れるので、メモしておく。なお、もし実施する場合は、何が起きても自己責任ということを認識しながら実施してほしい。 【使ったもの】 ・十年ぐらい前に…

・お題：ggplot2でプレートのヒートマップを作りたい。 # ライブラリ読み込み library(tidyverse) # ggplot2を含むパッケージ集library(ggsci) # カラーパレットのパッケージ library(magrittr) # パイプなど使いやすくする # データフレーム作成 df_96well …

・お題：グループ、サブグループになっているデータを、箱ひげ図でうまいこと図示したい。 ・遺伝子発現データなどでよく見かけるので、やってみる。 # ライブラリ読み込み library(tidyverse)library(magrittr) # データセット作成 df <- data.frame( case_…

・お題：ggplot2で棒グラフ＋個別値＋dodgeしたい。 # パッケージ読み込み。 library(tidyverse)library(ggsci) # データフレーム作る。 df <- data.frame( Compound = rep(c("A", "B", "C"), each = 12), Replicate = rep(c(1, 2, 3), 12), Concentration =…

・お題：ggplot2で平均値の棒グラフ＋個別値プロットしたい。 # パッケージ読み込み library(tidyverse) # ggplot2とその他便利なライブラリのセット # データセットを作る。 df <- data.frame( s_1 = rnorm(n = 20,mean = 10,sd = 1), s_2 = rnorm(n = 20,m…

・お題：良い感じのカラーパレットを提供するパッケージggsciを見つけたので、使ってみたい。 ・ggsciの公式サイトはこちら。いろいろなジャーナルで使われがちな色合いをカラーパレットとして使えるらしい。 Scientific Journal and Sci-Fi Themed Color Pa…

・お題：ubuntuでcondaを用いて仮想環境を構築しようと思ったらなんだか詰まった。解決法をメモしておく。 ・とりあえずminicondaを入れたいので、minicondaの.shファイルを公式サイトからダウンロードして、bashで実行。 docs.anaconda.com ・ライセンス確…

・お題：ベクトルの要素の重複を削除したり、data.frameの行の重複を削除する方法をいつも忘れるので、メモしておきたい。 # ライブラリ読み込み library(tidyverse) # ベクトルの要素の重複を何とかする。 # ベクトル作成 test <- c("A", "A", "A", "B", "B…

・お題：ggplot2でdata.frameからclusterprofilerのdotplot風のグラフを描きたい。 # データフレームを作成df <- data.frame( names = c("Taro", "Jiro", "Saburo", "Shiro", "Goro"), ages = c(25, 30, 22, 35, 28), weights = c(68, 55, 60, 75, 50), heig…

・お題：grepでベクトルから要素を取り出したい。 # 適当にベクトル作る。 test <- c("A1", "B1", "C2", "D2") # 1で終わるのを釣ってくる。 grep(x = test, pattern = "*1") [1] 1 2 test[grep(x = test, pattern = "*1")] [1] "A1" "B1" # 1で終わらないの…

・お題：Rパッケージのigraphは便利だけれど、少しハンドリングしにくい。tidygraphというパッケージだと、dplyrみたいにハンドリングできるらしい。試してみたい。 # パッケージを読み込む。 library(tidyverse)library(tidygraph)library(ggraph) # エッジ…

・お題：オブジェクト名を与えて、オブジェクトの中身を取得したい。 ・get関数を使う。 # 適当にdata.frameを作る。 df <- data.frame( A = c("a","b", "c"), B = c(1,2,3) ) # オブジェクト名を指定する。 test <- "df" # get関数でとって来る。 get(test)…

・お題：2つの数字を足し算する関数がある。これをもとに、3つ以上の数字を足し算する関数を作りたい。 ・足し算関数を定義する。 func_add <- function(a, b){ return(a + b) } # 試してみる func_add(3, 4) [1] 7 ・これを3つ以上の引数に対して適用できる…

・お題：遺伝子のIDにはいろいろな種類がある。手元にある遺伝子リストのIDがなんのkeytypeか判別つかないないので、早見表を作っておきたい。 # パッケージ読み込み library(tidyverse)library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db) # keyの一覧を見てみ…

・お題：列名のある空のdata.frameを作りたい。 ・所用があり、0行n列のdata.frameを作りたくなった。as.numeric()などで何とかなるらしい。 library(tidyverse) df <- data.frame(test1 = as.numeric(), test2 = as.numeric(), test3 = as.numeric()) df [1…

・お題：data.frameの特定の行・列の値を代入したい。 ・適当にdata.frameを作成する。 library(tidyverse) df <- matrix(c(1:96), nrow = 8, ncol = 12) %>% as.data.frame() df ・baseでやってみる。特定のセルに代入。 df[3,4] <- 100df ・インデックスの…

・お題：Rでexcelファイルから表を読み込んでdata.frameを作成できる。今回は、シートを全部読み込んで一つのオブジェクトにまとめたい。 # ライブラリを読み込んで、ファイル名を指定する。ファイルはカレントディレクトリに保存しておく。 library(tidyver…

・お題：dplyrのmutate関数で、data.frameに列を追加することができる。この際に列名に変数を使おうとするとうまくいかないので、何とかしたい。 # ライブラリを読み込んで、データフレームを作る。 library(tidyverse) df <- data.frame(A = c(1,2,3), B = …

・お題：IC50を求めるのにdrcパッケージを用いてLL4でfittingした。通常はplotで図示するが、なんとなくggplot2で図示してみたい。 ・とりあえず、本題とは関係ないが、xlsxファイルからデータを読み込んで、（便宜上）IC50を算出させるところまでいく。今回…

・お題：google colabでRを使ってみたい。 ・以下のHPを参考にさせていただいた。詳しい内容に関しては、参照元HPを見て頂きたい。 hira-labo.com 以下は私用のメモ。 ・ google colabでノートブックを新規作成し、ローカルにダウンロード。 colab.research.…

・お題：リストの使い方が分からないので、メモしておきたい。 ・リストは、形式の異なるデータを詰め込めるデータ構造のこと。使うたびにググっていたので、少しまとめたい。 ・とりあえずデータを作る。 > library(tidyverse) #Rを便利に使うパッケージ > …

・お題：遺伝子発現を比較する際に、ヒートマップというカラフルな図をheatmap.2を使って作ってみた。この図では階層型クラスタリングとセットで使われることが多い。図示するだけではなく、階層型クラスタリングの情報も扱ってみたい。 ・正確には、クラス…

・お題：とあるデータをドットプロットで示したい。 ・ライブラリを読み込む。 > library(tidyverse)> library(kableExtra) #ぽりぽりできるグラフを作る ・データセットを作る。 > df <- + data.frame(+ GeneID = c("geneA", "geneB", "geneC"),+ test_rep1…