KNIME・EXCEL倉庫

KNIMEやEXCELの備忘録です。

・GET Request

【KNIME】化合物のChEMBL IDから構造情報を纏めてとってきたい

・諸般の事情で、化合物のChEMBL IDのリストと活性情報が手に入ったが、構造情報が付与されていなかったとする。 ・化合物数が10や20なら個別に構造を検索しても問題ないだろうが、それが数十、数百にもなるといよいよ面倒になってくる。 ・そこで、ChEMBLの…

【KNIME】Chembl_IDから活性情報を収集したい

・前回、構造からChembl_IDを収集した。 ・Chembl_IDが分かると、ChemblやTargetMineなどで活性情報などを調べやすくなる。 ・今回は、Chembl_IDを使ってChemblで生物活性情報を収集してみた。 ・やったことは、前回とほとんど同じ(以下)。 ・String Manip…

【KNIME】化合物のChembl_IDをSMILESから引っ張ってきたい。

・例えば、化合物の構造だけ与えられて、「これと似たような化合物が、何かの生理活性を測定された報告はあるのかな?」と気になったとする。 ・個別の化合物を検索するのであれば、CHEMBL(以下)などでSmilarityも含めて、アッセイ結果を検索してみるのが…

【KNIME】GET RequestでデータをWebから釣ってきたい

・KNIMEには、Webにアクセスし、情報を釣ってくるノードが存在する。 ・特定のWebサイトに集中的にアクセスするとサーバに負荷がかかり、いろいろと不味いことになります。・スクレイピングは禁止されている場合もあるので、できるできないはきちんと調べて…