いろいろ倉庫

KNIME、EXCEL、R、Pythonなどの備忘録

その他

【R】NCBIからデータをとってきたい

・お題:NCBIからデータをとってきたい。Rで自動化できると嬉しい。 ・Rを使ってNCBIからデータをとって来るライブラリを調べてみると、rentrezというライブラリを見つけた。正しいことはそちらをご覧いただきたい。 cran.r-project.org ・あまりにアクセス…

【R】Dose Response Curveしてみたい

・お題:何らかの反応の阻害に関して、96穴ベースのアッセイで結果を得た。50%阻害濃度などを求めてみたい。 ・なお、当方は専門家でもなんでもないので、解析が正しいかは分からない。 ・適当にデータを作った。今回はEXCELフォーマットを読み込んで試験物…

【R】ベン図を描いてみたい②

・お題:要素の重なりを視覚的に表現したグラフに、ベン図というのがある。先日、ggVennDiagramというパッケージでベン図を描いてみたが、重なった要素がないところも形式上重なったグラフになっていた。他のパッケージを使ってもうちょっと何とかできるとち…

【R】ベン図を描いてみたい①

・お題:要素の重なりを視覚的に表現したグラフに、ベン図というのがある。Rで描いてみたい。 ・いろいろ調べてみると、ggplotベースのggVennDiagramというパッケージが便利っぽい。ベン図を描く他のパッケージとの比較も論文で紹介されていた。今回は、ggVe…

【Python】正規表現で文字列を抜き出したい

・お題:長い文字列の中から、条件にあてはまる文字列を抜き出したい。 ・先日メモした正規表現を使う。とりあえず、ライブラリをインポート。 import re ・例文を作成。 mojiretsu="私の名前は田中たろうです。私は1900年10月1日生まれです。生まれはA県、…

【その他】よく使う正規表現を纏めたい

・たまに正規表現を使うのだけれど、毎度調べるのが大変なので、よく使う表現を何パターンかメモしておく。おかしかったらごめんなさい。 ・日付(例:2022年10月1日):[0-9]{1,4}年[0-9]{1,2}月[0-9]{1,2}日 [0-9]は半角数字。{}で何回繰り返してるか指定…

【その他】スライドに使えそうなアイコンを探したい

・前の記事で、.svgファイルというやつが出てきたので、少し調べてみた。どうも、ベクトル?で画像を描画する形式の画像ファイルで、あとから色を変えられたり、いくら拡大しても画像が荒くならなかったりする特徴があるらしい。 ・発表スライドを作成する際…

【その他】統計解析のサンプルデータセットを入手したい。

・以前、データセットの入手先に関して記事にした。 ・統計解析のデータセットで良いものはないか? ・特に統計解析に使うデータセットの場合ら、理想を言えば、このデータセットに対してこういう統計手法を使えば、こういう結果が得られるよ、ということま…

【その他】回帰モデルの評価指標のいろいろ

・回帰モデルの評価指標にも、いくつか種類がある。少しまとめてみた。・R2 (決定係数):1 に近いほど精度の高い予測が行えていることになる。が、案外癖のある指標。定義が色々ある。相関係数の二乗は、いろいろある決定係数の一つのらしい(決定係数と呼ば…

【その他】分類問題の評価指標を整理したい

・分類問題の評価指標がややこしいので、自分の言葉で整理することにした。 ・分類問題では、いろいろな指標がモデル評価に用いられる。調べたいことは、「このモデルで、ちゃんと正しく分けられましたか?」ということだが、それぞれ何なのか? ・私のイメ…

【その他】機械学習に使えるデータセットを探したい

・機械学習でいろいろ試していると、サンプルデータセットを入手したくなることがある。 ・少し調べてみると以下のサイトが便利そうだった。 ・The UCI Machine Learning Repository archive.ics.uci.edu ・kaggle dataset www.kaggle.com ・dataflair data-…

【KNIME】KNIMEの使い道

・私の思うKNIMEの長所は、処理の状況をステップごとに視覚的に追えること、習得コストが低い割にいろいろ出来ること(コストパフォーマンスが良い)、世界的に見ればコミュニティが活発であること、desktop版は無料で利用できること、あたりだと思う。 ・そ…

【KNIME】Extensionで機能を追加したい

・KNIMEで専門的な解析をしたい場合は、追加機能をインストールする必要がある。 ・拡張機能(Extension)は、Fileから追加できる(下図)。 ・例えば、Twitterから情報をとってきたりするExtensionが欲しい場合、検索窓にキーワードを入力して検索すれば、…

【その他】タグでファイルを管理したい。

・ファイルを管理する際に、これまでフォルダの階層構造で管理していた。 ・同じ階層のフォルダの属性が背反でない場合、管理に苦慮し、結局親フォルダに直接ファイルを放り込むような状態になっていた。 ・調べてみると、Win10ではファイルをタグ管理できる…

はじめに

【ブログを作った目的】 ・私が作ったKNIMEワークフローやEXCELマクロを管理すること。 ・自分が業務とかで使ってる、ちょっと便利な小ネタを忘れないように記録すること。・オープンにすることで、何となくモチベーションを保てたら嬉しいな。【自己紹介】 …