・お題：細胞一つ一つのオミクス情報を解析する手法をシングルセル解析と呼ぶらしい。Seuratというライブラリを使ってやってみたい。 ・私は素人なので、以下のチュートリアルをなぞってみたい。 satijalab.org ・前回、チュートリアルのPCAのヒートマップを…

・お題：細胞一つ一つのオミクス情報を解析する手法をシングルセル解析と呼ぶらしい。Seuratというライブラリを使ってやってみたい。 ・私は素人なので、以下のチュートリアルをなぞってみたい。 satijalab.org ・インストールは以下を参照。 satijalab.org …

・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回はDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

・お題：どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…

・お題：どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…

・お題：先日の遺伝子発現の解析で、発現が減った・増えた遺伝子群が出てきた。その生物学的解釈を考えるうえで、どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析…

・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、DEG解析の結果を図示したり、サンプ…

・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、遺伝子発現の分布をTMM normalizeし…

・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・元論文は以下。 www.ncbi.nlm.nih.gov ・メスマウスから単…

・お題：前回の続き。Differential expression analysis（DEG）という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

・お題：前回の続き。Differential expression analysis（DEG）という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

・お題：前回の続き。Differential expression analysis（DEG）という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

・お題：前回の続き。Differential expression analysis（DEG）という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

・お題：病変部と非病変部で何か違うのか調べたいときに、遺伝子発現の違いを調べることがあるらしい。Differential expression analysis（DEG）という解析らしいのだけれど、せっかく生物学を学んでいるのだから、その辺も少し齧ってみたい。 ・私はWet専門…

・お題：パイプ演算子というやつを使うと、分かりやすいコードが書けるらしい。どんなものか、体験してみたい。 ・先日Tidyverseを調べた際に、dplyrパッケージのチートシートにpipesという記述があった（以下）。 github.com ・pipesは日本語でパイプ演算子…

・お題：Rでfor文を使うと処理が遅いので、for文を使わずに処理を速くしてみたい。 ・以下のサイトを参考にさせて頂いた。 book.mynavi.jp ・とりあえず、以前のようにfor文で処理を記載してみる。1から1億まで整数を二乗して足してもらった。 > m=0> tic()>…

・お題：処理にかかった時間を取得したい。 ・tictocという可愛らしい名前のパッケージを使ってみる。以下を参照した。 qiita.com ・install.packages("tictoc")でパッケージをインストール。 ・tictocを起動し、参考通りに実行してみる。tic()とtoc()で処理…

・お題：for文やwhile文を使って、繰り返し処理をしてみたい。 ・for文を使ってみる。1から10まで足し算することを考える。Pythonで書くとこんな感じ。rangeはわざわざリスト化する必要はないけれど、Rと似たような感じにしたくてリストにしてみた。list(ran…

・お題：先日インストールしたパッケージ群tidyverseに、ggplot2というグラフを作成するパッケージが入っていた。ggplot2でいろいろ作図してみたい。 ・以下のサイトを参考にさせて頂いた。非常に丁寧に解説なさっているので、ぜひそちらをご参照いただきた…

・お題：Pythonもそうだけれど、Rでは便利機能を備えたソフトウェアをインストールすることで、機能を拡張することができる。少し調べてみたところ、データサイエンスやりたいならとりあえずTidyverseというパッケージ集をインストールしておくと便利らしい…

・お題：データの型が合わないと、うまく処理してくれない。データの型の確認方法や、変更方法をメモしておきたい。 ・とりあえず、オブジェクトを作ってみる。 > a<-1> b<-"2" ・それぞれのオブジェクトの型を確認する。Rではclass関数で出てくるっぽい。も…

・お題：data.frameを直接弄ったりしてみたい。 ・とりあえず、data.frameを作成する。 > col1<-c(1,2,3,4)> col2<-rnorm(4,10,2)> col3<-sample(c("a","b"),4,replace = TRUE)> df=data.frame(col1,col2,col3)> df col1 col2 col31 1 11.516636 a2 2 14.030…

・お題：いろいろやってみたいときに、イメージするサンプルデータをテキパキ作れるとたぶん便利。数値データを作ってみたい。 ・好きに数値を入力したい。 > c(1,3,6,10)[1] 1 3 6 10 ・決まった数値を反復させたいときは、repを使う。例えば、1,2,3,1,2,3.…

・お題：ディレクトリ関連のメモ。随時追加。 ・ワーキングディレクトリの取得。 > getwd()[1] "C:/Users/xxxxx/Documents" ・ワーキングディレクトリの設定。例えば、デフォルトのディレクトリ中にRというフォルダ中の20230101というフォルダに設定。 >setw…

・お題：Rの基本的な使い方に関して、長くなったので分けて記載することにした。今回はデータフレーム関連。思いついたら随時追加していきたい。 ・とりあえず、csvを読み込む。 > df<-read.csv("test.csv")> df ID Name Nenshu Shusshin1 a Tanaka 300 Toky…

・お題：データ分析をするのにRを使いたいのだけれど、私の頭はザルなので、全然頭に残らない。そこで、使い方を簡単にメモしておきたい。 ・Rの導入 基本的なことは以下のサイトに網羅されている。感謝。RとRStudioを放り込んで、環境を構築した。 htsuda.n…