KNIMEとか倉庫

KNIMEやEXCELなどの備忘録です。

・Color Manager

【KNIME】棒グラフに色を付けたい。

・散布図はcolor managerノードで簡単に色を付けることができたが、棒グラフ(Bat Chart)のカラムに色を付ける方法が分からなかった。 ・少し癖があったので、メモしておく。 ・以下のようなフローを組んだ。 ・左のウィンドウはTable Creatorの中身。各列…

【KNIME】多変量データをt-sneで可視化したい

・多変量データを可視化する方法には様々あるが、今回はt-sneという手法を試してみたい。ティーズニーと読むらしい。 ・t-SNE (t-distribution Stochastic Neighbor Embedding)は、データ間の距離(類似性)を保持したまま、低次元化する手法だそうだ。・距…

【KNIME】Spectral Clusteringでクラスタリングしたい。

・先日KNIMEでk-meansクラスタリングなどを実施してみた。k-meansクラスタリングの特徴は、プロットした空間中で中心から距離をベースに考えるところで、要は2次元グラフ上なら丸く分布していないと綺麗に分けることができない。 ・歪んだ分布の場合、Spectr…

【KNIME】curve fittingで酵素反応速度論的パラメータを推定してみたい(非線形回帰)。

・酵素反応速度論的解析をする際に、モデルの式に数値を当てはめてパラメータを推定するcurve fittingをやりたかったのだけれど、KNIMEでのやり方が分からなかった。 ・Pythonなら出来そうだったので、KNIMEにPythonを入れ込んで、サンプルデータのfittingを…

【KNIME】外れ値も加味したクラスタリングをしてみたい(DBSCAN)

・クラスタリングの手法として、密度を基準に、ぎゅっと集まっているところを一つのクラスタ、疎なところを外れ値として解釈するDBSCANという手法がある。 ・ざっくりと組んでみた(下図)。これもデータ間の距離を算出してやる必要があるので、Numeric Dist…

【KNIME】階層型クラスタリングをやってみたい(Hierarchical Clustering)

・これまでは非階層型クラスタリングを試していたが、今回は階層型クラスタリングを試してみたい。 ・試しに組んでみた(下図)。 ・階層型クラスタリングといえば、デンドログラム(樹形図)での表示だと思う。 ・Hierarchical Clusteringのノードを右クリ…

【KNIME】円グラフの色も綺麗に塗りたい

・先に、散布図のプロットを綺麗に塗り分けたが、円グラフも綺麗に塗り分けたいと思った。 ・これもColor ManagerでRowにつけた色で塗ることができるのだが、Scatter Plotとは違ってデフォルトでは駄目らしい。 ・Pie/Donut Chartノードの設定を少し弄り、Us…

【KNIME】散布図のプロットの色を綺麗に塗りたい

・散布図のプロットを良い感じの色合いで表現したい場合がある。 ・例えば、ある変数AとBを軸に取った散布図を描いた際に、更に別の変数Cをプロットの色の違いで表現したい場合など。 ・そのような場合には、Color Managerというノードが役に立つ。 ・Table …

【KNIME】もっとクラスタリングしてみたい(k-Medoids)

・先のノード検索の際に出てきたk-Medoidsを使ってみる。 ・細かいことは分からないが、k-Meansのように仮想の重心を置くのではなく、データの中から重心に相当するものを選抜することでクラスタリングをするらしい。 ・特長は外れ値に比較的強いことだとか…

【KNIME】ちょっとFuzzyにクラスタリングしてみたい(Fuzzy c-Means)

・先の記事で、k-Meansで気軽にクラスタリングを試して気づいたが、似たような名前のクラスタリング手法がある。Fuzzy c-Meansとk-Medoidsだ。 ・後者はいったん置いておいて、前者を前回と同じデータに対して試した。 ・Fuzzy c-Meansノードの出力ポートを…

【KNIME】クラスタリングしてみたい(k-Means)

・KNIMEはデータ解析プラットフォームなので、Extensionを追加しなくても、デフォルトで様々な解析が可能。 ・巷で流行っている機械学習などもノードをくっつけてモデルのパラメータを与えてやればある程度実行できる。 ・今回は、クラスタリングというもの…