・お題：リストの使い方が分からないので、メモしておきたい。 ・リストは、形式の異なるデータを詰め込めるデータ構造のこと。使うたびにググっていたので、少しまとめたい。 ・とりあえずデータを作る。 > library(tidyverse) #Rを便利に使うパッケージ > …

・お題：遺伝子発現を比較する際に、ヒートマップというカラフルな図をheatmap.2を使って作ってみた。この図では階層型クラスタリングとセットで使われることが多い。図示するだけではなく、階層型クラスタリングの情報も扱ってみたい。 ・正確には、クラス…

・お題：とあるデータをドットプロットで示したい。 ・ライブラリを読み込む。 > library(tidyverse)> library(kableExtra) #ぽりぽりできるグラフを作る ・データセットを作る。 > df <- + data.frame(+ GeneID = c("geneA", "geneB", "geneC"),+ test_rep1…

・お題：Saccharomyces cerevisiaeの遺伝子のリストを入手したので、GO解析してみたい。 ・org.Sc.sgd.dbというアノテート用のパッケージが配布されているので、clusterprofilerのチュートリアルを参考にやればなんの問題もなくできる、と思っていた。 yulab…

・お題：元ベクトルに対応するように色を振ったベクトルを作りたい。 ・やることは、元ベクトルをファクター化して、色のベクトルから要素をとって来るような感じ。 > ori <- c("1","1","2","3","3") #元ベクトルを設定 > iro <- c("red", "blue", "yellow")…

・お題：piと言えば円周率が割り当てられているように、アルファベットや月名を呼び出したい。 ・Rにはもともと割り当てられている変数がある。アルファベットや月名は、以下が割り当てられているのでメモしておきたい。 > LETTERS #大文字アルファベット [1…