【R】出芽酵母のGO解析をしたかったのだけれど

・お題：Saccharomyces cerevisiaeの遺伝子のリストを入手したので、GO解析してみたい。

・org.Sc.sgd.dbというアノテート用のパッケージが配布されているので、clusterprofilerのチュートリアルを参考にやればなんの問題もなくできる、と思っていた。

・とりあえずパッケージを読み込む。

> library(clusterProfiler)
> library(org.Sc.sgd.db)

・遺伝子セットを作る。wikipathwaysで適当にpathwayを選んでメモした。

> GENES <- c("YIR027C","YIR029W","YIR032C","YBR208C","YBR208C")

・GO解析してみると、エラーが出た。

> ego <-
+ enrichGO(gene = GENES,
+ OrgDb = org.Sc.sgd.db,
+ ont = "BP", #"BP","CC","MF","ALL"のどれか
+ pAdjustMethod = "BH",
+ keyType = "ENSEMBL", #今回はENSEMBL形式の遺伝子リスト
+ pvalueCutoff = 1,
+ qvalueCutoff = 1,
+ readable = TRUE)

Error in .testForValidCols(x, cols) :
Invalid columns: SYMBOL. Please use the columns method to see a listing of valid arguments.
In addition: Warning message:
In setReadable(res, OrgDb) :
Fail to convert input geneID to SYMBOL since no SYMBOL information available in the provided OrgDb...

・readableをTRUEにするにはSYMBOL情報がないとダメらしい。SYMBOL情報ならあるだろうと思って使えるキーを覗いてみると、なかった。。

> keytypes(org.Sc.sgd.db)

・GENENAMEとCOMMONというキーがSYMBOLに対応しているらしい。そんなことがあるのか。。

・先のエラーを回避するには、readable をFALSEにすれば良い。せっかくなので、ENSEMBLの遺伝子リストをGENENAMEに変換してからエンリッチメント解析してみる。

> GENES_NAME <-
+ bitr(geneID = GENES,
+ fromType="ENSEMBL",
+ toType="GENENAME",
+ OrgDb = "org.Sc.sgd.db") %>%
+ .$GENENAME

> GENES_NAME
[1] "DAL1" "DAL2" "DAL3" "DUR1,2"

・ちょっと減ってしまった。減るのが気になるのであれば、ENSEMBLのまま解析した方が良いかも。今回はGENE_NAMEで進める。

> ego <-
+ enrichGO(gene = GENES_NAME,
+ OrgDb = org.Sc.sgd.db,
+ ont = "BP", #"BP","CC","MF","ALL"のどれか
+ pAdjustMethod = "BH",
+ keyType = "GENENAME",
+ pvalueCutoff = 1,
+ qvalueCutoff = 1,
+ readable = FALSE #ここが大事
+ )

・結果を見てみる。

> ego@result