KNIME・EXCEL倉庫

KNIMEやEXCELの備忘録です。

【KNIME】Chembl_IDから活性情報を収集したい

・前回、構造からChembl_IDを収集した。

・Chembl_IDが分かると、ChemblやTargetMineなどで活性情報などを調べやすくなる。

・今回は、Chembl_IDを使ってChemblで生物活性情報を収集してみた。

・やったことは、前回とほとんど同じ(以下)。

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・String Manipulationの中身が少し違うだけ(下図)。

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・今回使ったAPIは、以下のChemblのもの。

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・Get Requestは前回とほとんど同じなので割愛(サーバに負荷をかけないように、提供元のWebsiteをよく確認する)。

XPathは以下の通り。

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・最終出力では、アッセイの概要、結果のタイプ、結果の単位、結果の数値をピックアップした(下図)。

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・ずらっとアッセイ結果が出力された。例えば、Row0_1という化合物のアッセイ結果が20種類あり、それぞれの結果が並んでいる状態になった。Row0_1の化合物は医薬品なので、様々な評価がなされており、結果がとても多い。

・謎の化合物がたくさんあるときに、周辺化合物で何かの活性が報告されていないか調べるのに便利かも。

 

終わり。