KNIMEとか倉庫

KNIMEやEXCELなどの備忘録です。

【KNIME】プレートリーダーのデータを整理したい。

・生物系の実験で、プレートリーダーで得られたデータを解析することで、試験物質のin vitro活性を評価することがしばしばある。

・KNIMEでこの解析が自動化できないか調べてみたところ、ExtensionのCommunityノードで、HCS Toolというものがあった。これを利用することで、先日の解析ができそうだった。

・KNIMEでデータを解析する前準備として、プレートリーダーのデータを整理する方法を考えてみた。

・例えば、96穴プレートの外周に乾燥防止用の滅菌水を分注し、内側60穴に細胞を播種し、データを得た場合を考える。試験物質の濃度依存性を評価するために、100, 25, 6.3, 1.6, 0μMの最終濃度で試験物質を添加し、duplicateでアッセイを実施したとする。

・データを以下のようにまとめた状態から、KNIMEで解析しやすい形にデータを整える。

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・ワークフローを以下のように組んでみた。

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・工程は以下の通り。

①データを読み込む。

・例えば、測定データを読み込むEXCEL Readerノードの設定は、以下の通り。Excel Readerノードでは、どのファイルのどのシートのどの列・行の範囲からデータを読み込むのかを指定できる。

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②Matrix状態だと統合しづらいので、List形式にUnpivottした(設定は下図)。

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③あとは列名を変更し、いらない列を削除し、くっつけた(下図)。

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・あとはこの表をHCS ToolsのDose Response(R)ノードに読み込ませて、適当に設定すれば解析してくれる。今回はいい加減な実験だが、とりあえずKNIMEで処理を回してみたいので、これでやってみる。

 

いったん終わり。