・お題：condaでRStudioの環境を作ってみたい。 ・ズブの素人なので間違っていたら生暖かく見てほしい。 ・なお、ubuntuというよりcondaの話なのだけれど、ubuntuでやったのでなんとなくタイトルにubuntuを入れてみた。 ・ condaで環境を作る。 conda create…

・お題：遺伝子発現をR studio serverで構築するsifを作成するのが面倒なので、sifを構するdefファイルを作りたい。 ・私は素人なので、間違っていても生暖かく見守ってほしい。 ・apptainerでは、sifファイルから環境を立ち上げる。sifファイルはdocker ima…

・お題：すごい人たちは、コンテナというもので仮想環境を作ってうまいこと解析を回しているらしい。apptainerというソフトが計算科学の分野でよく使われるらしいので、これでR studio serverを立ててみたい。 ・前置き（言い訳）として、私はズブの素人なの…

・お題：terminalで起動できる簡単なプログラムのファイルを作成してみたい。 ・私はど素人なので、間違っていても生暖かく見守っていただきたい。 ・ubuntuでよく使われるのが、bashというプログラムソフト（？）らしい。適当なテキストファイルにbashのコ…

・お題：ubuntuのterminalの基本的な操作をすぐ忘れるので、メモしておく。 ・terminalを立ち上げる。↓で立ち上げると、/home/ユーザー名がカレントディレクトリになる。 ctrl + alt + t ・適当なディレクトリで右クリックして「端末で開く」を選択すると、…

・お題：遺伝子発現データセットを入手した。遺伝子発現データのパターンを俯瞰するために、PCAで次元削減してサンプル間の関係を可視化したり、ヒートマップを作成して遺伝子発現のパターンを可視化したい。 ・今回題材にしたのは、GSE269178という遺伝子発…

・お題：ubuntu環境をいじりたくなったので、外付けSSDにubuntu環境を構築したい。 ・すぐにやり方を忘れるので、メモしておく。なお、もし実施する場合は、何が起きても自己責任ということを認識しながら実施してほしい。 【使ったもの】 ・十年ぐらい前に…