・お題：病変部と非病変部で何か違うのか調べたいときに、遺伝子発現の違いを調べることがあるらしい。Differential expression analysis（DEG）という解析らしいのだけれど、せっかく生物学を学んでいるのだから、その辺も少し齧ってみたい。 ・私はWet専門…

・お題：パイプ演算子というやつを使うと、分かりやすいコードが書けるらしい。どんなものか、体験してみたい。 ・先日Tidyverseを調べた際に、dplyrパッケージのチートシートにpipesという記述があった（以下）。 github.com ・pipesは日本語でパイプ演算子…

・お題：Rでfor文を使うと処理が遅いので、for文を使わずに処理を速くしてみたい。 ・以下のサイトを参考にさせて頂いた。 book.mynavi.jp ・とりあえず、以前のようにfor文で処理を記載してみる。1から1億まで整数を二乗して足してもらった。 > m=0> tic()>…

・お題：処理にかかった時間を取得したい。 ・tictocという可愛らしい名前のパッケージを使ってみる。以下を参照した。 qiita.com ・install.packages("tictoc")でパッケージをインストール。 ・tictocを起動し、参考通りに実行してみる。tic()とtoc()で処理…

・お題：for文やwhile文を使って、繰り返し処理をしてみたい。 ・for文を使ってみる。1から10まで足し算することを考える。Pythonで書くとこんな感じ。rangeはわざわざリスト化する必要はないけれど、Rと似たような感じにしたくてリストにしてみた。list(ran…

・お題：先日インストールしたパッケージ群tidyverseに、ggplot2というグラフを作成するパッケージが入っていた。ggplot2でいろいろ作図してみたい。 ・以下のサイトを参考にさせて頂いた。非常に丁寧に解説なさっているので、ぜひそちらをご参照いただきた…

・お題：Pythonもそうだけれど、Rでは便利機能を備えたソフトウェアをインストールすることで、機能を拡張することができる。少し調べてみたところ、データサイエンスやりたいならとりあえずTidyverseというパッケージ集をインストールしておくと便利らしい…

・お題：データの型が合わないと、うまく処理してくれない。データの型の確認方法や、変更方法をメモしておきたい。 ・とりあえず、オブジェクトを作ってみる。 > a<-1> b<-"2" ・それぞれのオブジェクトの型を確認する。Rではclass関数で出てくるっぽい。も…

・お題：data.frameを直接弄ったりしてみたい。 ・とりあえず、data.frameを作成する。 > col1<-c(1,2,3,4)> col2<-rnorm(4,10,2)> col3<-sample(c("a","b"),4,replace = TRUE)> df=data.frame(col1,col2,col3)> df col1 col2 col31 1 11.516636 a2 2 14.030…

・お題：いろいろやってみたいときに、イメージするサンプルデータをテキパキ作れるとたぶん便利。数値データを作ってみたい。 ・好きに数値を入力したい。 > c(1,3,6,10)[1] 1 3 6 10 ・決まった数値を反復させたいときは、repを使う。例えば、1,2,3,1,2,3.…

・お題：ディレクトリ関連のメモ。随時追加。 ・ワーキングディレクトリの取得。 > getwd()[1] "C:/Users/xxxxx/Documents" ・ワーキングディレクトリの設定。例えば、デフォルトのディレクトリ中にRというフォルダ中の20230101というフォルダに設定。 >setw…

・お題：Rの基本的な使い方に関して、長くなったので分けて記載することにした。今回はデータフレーム関連。思いついたら随時追加していきたい。 ・とりあえず、csvを読み込む。 > df<-read.csv("test.csv")> df ID Name Nenshu Shusshin1 a Tanaka 300 Toky…

・お題：データ分析をするのにRを使いたいのだけれど、私の頭はザルなので、全然頭に残らない。そこで、使い方を簡単にメモしておきたい。 ・Rの導入 基本的なことは以下のサイトに網羅されている。感謝。RとRStudioを放り込んで、環境を構築した。 htsuda.n…