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【Python】マルチカラムから列をとってきたい

・お題:マウスに試験物質を連投したところ、以下の体重データが得られた。各処置条件の平均値、中央値、最大値、最小値を一つの表に作成し、そこからデータを切り出すことで、経日的なグラフで示したい。

データ

Compound Dose No Day0 Day1 Day2 Day3 Day4 Day5 Day6 Day7
A 1 1 25.9 25.9 26.1 26.9 27.8 28.6 28.9 29.3
A 1 2 25.2 25.9 26 26.9 26.9 27 27.1 27.7
A 1 3 25.4 25.4 26.3 26.8 26.8 27.8 28.4 29.2
A 3 1 25.7 25.5 25.5 25.1 25 24.9 24.7 24.6
A 3 2 25.8 25.5 25.2 24.7 24.3 24.3 24.2 23.8
A 3 3 25.7 25.5 25.1 25.1 24.8 24.5 24.1 24
A 10 1 25.1 24.4 24.3 24 23.7 23.6 22.8 22.5
A 10 2 25.3 24.7 24.3 23.6 23.6 23 23 22.6
A 10 3 25.4 24.8 24.4 24.1 23.6 23 22.4 21.8
B 1 1 25.1 25.7 26.2 26.8 27.2 28.1 28.6 28.8
B 1 2 25.2 25.9 26.5 26.5 27.7 28.9 29.5 30.2
B 1 3 25.2 25.9 25.9 27 27.4 27.7 28.4 28.5
B 3 1 25.4 27 28.4 29.7 30.5 30.9 31.3 32.7
B 3 2 25.8 26.8 26.9 28.5 29.2 29.5 30.7 31.8
B 3 3 25.6 26.3 26.7 27.2 28.8 30 30.9 32.4
B 10 1 25.2 25.4 27.3 28 28.6 29.3 29.7 31.5
B 10 2 25.5 27.1 28.1 29.5 31.1 31.4 32.7 34.5
B 10 3 25.6 27.5 27.9 29.2 29.4 30.2 31.3 31.7

 

・やりたいことは先日とほぼ同じで、平均値、中央値、最大値及び最小値を個別に求めるのではなく、すべて算出した一つの表を作成し、そこから切り出して図示するような感じ。マルチカラム・インデックスの練習をしたい。

・まずは、csvを読み込んでpandasのデータフレームを作成し、処置条件でまとめる(前回と全く同じ)。

import pandas as pd
df=pd.read_csv("xxx.csv")

matome=df.drop("No", axis=1).groupby(["Compound","Dose"])

 

・平均値、中央値、最大値及び最小値をdf2にする。

df2=matome.agg(["mean","median","max","min"])

df2の中身は以下の通り。マルチカラムかつマルチインデックスになっている。



・ここから、Day0とDay2の平均値、中央値、最大及び最小を抜き出すなら、以下で良い。

df2.loc[:,["Day0","Day2"]]

 

・各日の中央値をdf2からとってきたくて、df2.loc[:,"median"]と打つとエラーが返ってくる。どうやら、マルチカラムが階層構造になっており、各集計方法("median")が評価日の下層に位置しているため、うまく働かないっぽい。

・そこで、集計方法と評価日の階層を入れ替える(以下)。

df3=df2.swaplevel(0,1, axis=1)#axis = 0にすると、indexの階層が変わるっぽい。

こうすると、df3の中身は以下のようになる。

 

・こうした後に、

df4=df3.loc[:,"mean"]

を実行すると、df4の中身は以下になる。

ここまでくれば、転置して.plot()すればグラフを描くことができる。

df4.loc[:,"mean"].T.plot()

この"mean"のところを、"median"や"max"、"min"にすれば、平均値だけではなく、中央値、最大値、最小値を切り出してグラフを描いてくれる(割愛)。

 

・ちなみに、df5=df3.reset_index()すればマルチインデックスを解除できる(df5の中身は下図)。

 

・ちなみに、df6=df5.set_index(["Compound","Dose"])でマルチインデックスを設定できる(df6の中身は下図)。

 

・表のハンドリングをスムーズにできるようになりたい。

 

おわり。