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【Python】平均値を算出してグラフにしたい

・お題:マウスに試験物質を連投したところ、以下の体重データが得られた。各処置条件の平均値を、経日的なグラフで示したい。

データ

Compound Dose No Day0 Day1 Day2 Day3 Day4 Day5 Day6 Day7
A 1 1 25.9 25.9 26.1 26.9 27.8 28.6 28.9 29.3
A 1 2 25.2 25.9 26 26.9 26.9 27 27.1 27.7
A 1 3 25.4 25.4 26.3 26.8 26.8 27.8 28.4 29.2
A 3 1 25.7 25.5 25.5 25.1 25 24.9 24.7 24.6
A 3 2 25.8 25.5 25.2 24.7 24.3 24.3 24.2 23.8
A 3 3 25.7 25.5 25.1 25.1 24.8 24.5 24.1 24
A 10 1 25.1 24.4 24.3 24 23.7 23.6 22.8 22.5
A 10 2 25.3 24.7 24.3 23.6 23.6 23 23 22.6
A 10 3 25.4 24.8 24.4 24.1 23.6 23 22.4 21.8
B 1 1 25.1 25.7 26.2 26.8 27.2 28.1 28.6 28.8
B 1 2 25.2 25.9 26.5 26.5 27.7 28.9 29.5 30.2
B 1 3 25.2 25.9 25.9 27 27.4 27.7 28.4 28.5
B 3 1 25.4 27 28.4 29.7 30.5 30.9 31.3 32.7
B 3 2 25.8 26.8 26.9 28.5 29.2 29.5 30.7 31.8
B 3 3 25.6 26.3 26.7 27.2 28.8 30 30.9 32.4
B 10 1 25.2 25.4 27.3 28 28.6 29.3 29.7 31.5
B 10 2 25.5 27.1 28.1 29.5 31.1 31.4 32.7 34.5
B 10 3 25.6 27.5 27.9 29.2 29.4 30.2 31.3 31.7

 

Excelで作成したダミーデータなので、CSVで保存してpandasのdataframeで読み込んだ。

import pandas as pd
df=pd.read_csv("xxx.csv")

 

・処置条件を纏める。今回振っている処置条件は、試験物質"Compound"と用量"Dose"なので、"Compound"と"Dose"でgroupbyする。個体番号"No"の情報は目的の解析(平均値の算出)に使わないので、列を除く。

matome=df.drop("No", axis=1).groupby(["Compound","Dose"])

 

・平均値をdf2にする。

df2=matome.agg("mean")

.agg("なにか")で、いろいろな集計ができる("median", "sum",  "min", "max"など)。

平均値を算出したdf2の中身は以下の通り。なんだか平均値っぽい(n = 3にしたので割り切れにくい)。

 

・pandasのplotでグラフにする。

df2.T.plot(figsize=(12,8))

 

y軸が22始まりになっているので、好みによってはy軸をゼロスタートにしても良いかもしれない。

df2.T.plot(figsize=(12,8),ylim=(0,35))

 

ちなみに、列ごとに系列として認識されるので、転置を挟んでいる。転置を挟まないと、横軸が条件になる(下図)。

 

おわり。