【Python】平均値を算出してグラフにしたい

・お題：マウスに試験物質を連投したところ、以下の体重データが得られた。各処置条件の平均値を、経日的なグラフで示したい。

データ

Compound	Dose	No	Day0	Day1	Day2	Day3	Day4	Day5	Day6	Day7
A	1	1	25.9	25.9	26.1	26.9	27.8	28.6	28.9	29.3
A	1	2	25.2	25.9	26	26.9	26.9	27	27.1	27.7
A	1	3	25.4	25.4	26.3	26.8	26.8	27.8	28.4	29.2
A	3	1	25.7	25.5	25.5	25.1	25	24.9	24.7	24.6
A	3	2	25.8	25.5	25.2	24.7	24.3	24.3	24.2	23.8
A	3	3	25.7	25.5	25.1	25.1	24.8	24.5	24.1	24
A	10	1	25.1	24.4	24.3	24	23.7	23.6	22.8	22.5
A	10	2	25.3	24.7	24.3	23.6	23.6	23	23	22.6
A	10	3	25.4	24.8	24.4	24.1	23.6	23	22.4	21.8
B	1	1	25.1	25.7	26.2	26.8	27.2	28.1	28.6	28.8
B	1	2	25.2	25.9	26.5	26.5	27.7	28.9	29.5	30.2
B	1	3	25.2	25.9	25.9	27	27.4	27.7	28.4	28.5
B	3	1	25.4	27	28.4	29.7	30.5	30.9	31.3	32.7
B	3	2	25.8	26.8	26.9	28.5	29.2	29.5	30.7	31.8
B	3	3	25.6	26.3	26.7	27.2	28.8	30	30.9	32.4
B	10	1	25.2	25.4	27.3	28	28.6	29.3	29.7	31.5
B	10	2	25.5	27.1	28.1	29.5	31.1	31.4	32.7	34.5
B	10	3	25.6	27.5	27.9	29.2	29.4	30.2	31.3	31.7

・Excelで作成したダミーデータなので、CSVで保存してpandasのdataframeで読み込んだ。

import pandas as pd
df=pd.read_csv("xxx.csv")

・処置条件を纏める。今回振っている処置条件は、試験物質"Compound"と用量"Dose"なので、"Compound"と"Dose"でgroupbyする。個体番号"No"の情報は目的の解析（平均値の算出）に使わないので、列を除く。

matome=df.drop("No", axis=1).groupby(["Compound","Dose"])

・平均値をdf2にする。

df2=matome.agg("mean")

.agg("なにか")で、いろいろな集計ができる（"median", "sum",  "min", "max"など）。

平均値を算出したdf2の中身は以下の通り。なんだか平均値っぽい（n = 3にしたので割り切れにくい）。

・pandasのplotでグラフにする。

df2.T.plot(figsize=(12,8))

y軸が22始まりになっているので、好みによってはy軸をゼロスタートにしても良いかもしれない。

df2.T.plot(figsize=(12,8),ylim=(0,35))

ちなみに、列ごとに系列として認識されるので、転置を挟んでいる。転置を挟まないと、横軸が条件になる（下図）。

おわり。