・お題：バイオインフォマティクスなどのデータを可視化するOSSプラットフォームで、Cytoscapeというやつがあるらしい。Rでこれを弄ってみたい。 ・今回は、前回の続きとして、以下のチュートリアルのVisualizing data on networks以降の内容を進めていく。…

・お題：バイオインフォマティクスなどのデータを可視化するOSSプラットフォームで、Cytoscapeというやつがあるらしい。Rでこれを弄ってみたい。 ・Cytoscapeの公式サイトは以下。本来はソフトウェアとして使用するものらしいけれど、Rで動かすパッケージが…

・お題：タンパク質間相互作用解析をやると、いろいろなことが分かるらしい。RだとSTRINGdbなどのパッケージを使うとできるらしい。やってみたい。 ・例のごとく、チュートリアルをなぞる。今回のチュートリアルは以下。 rpubs.com ・STRINGdbのインストール…

・お題：エッジリストを入手したけれど、所用で隣接行列を入手したくなった。igraphを使って変換してみたい。 ・公式にやり方が書いてあった。 igraph.org ・ライブラリを読み込む。 > library(igraph) ・データを読み込む。今回のデータは、重み付きのエッ…

・お題：データには欠損値がつきものだけれど、欠損値があるとエラーが出ることもある。欠損値のある行や列を消したい。 ・適当にデータフレームを作る。 > library(tidyverse)#dplyr必須なので、tidyverseを起動> df<- data.frame(ID = c("A-01","A-02","B-…

・お題：data.frameの扱いをまだまだ覚えられないので、メモしておく。 ・データは適当にcsvで用意した。 ・とりあえず、tidyverseを読み込む。 > library(tidyverse) ・csvを読み込む。 > df0<-read.csv("20230416_0.csv")> df0 ・これでも良いといえば良い…

・お題：先日、参考サイトをなぞって大腸菌のネットワークの中心性指標と生存必須性の関係を見てみた。その際は参考サイトで提供されているデータセットを使って実行してみたが、自分でデータセットをとって来るところからやってみたい。 ・今回の参考元サイ…

・お題：すぐに使い方を忘れるので、データフレームの基本的な使い方をメモしておきたい。 ・tidyverseを読み込む。 > library(tidyverse) ・適当にデータフレームを作成する。 > df <- data.frame(ID = c("A-01","A-02","B-01","B-02","C-01","C-02"),+ Sco…

・お題：ネットワークの大事なところを探すことを、中心性解析と呼ぶらしい。生物の分子機能のネットワークの中心性解析を使うと、生体維持に大切なところを見つけられたりするみたい。ぜひやってみたい。 ・先日ネットワーク解析を学びたいというシリーズの…

・お題：ネットワークの大事なところを探すことを、中心性解析と呼ぶらしい。生物の分子機能のネットワークの中心性解析を使うと、生体維持に大切なところを見つけられたりするみたい。ぜひやってみたい。 ・先日ネットワーク解析を学びたいというシリーズの…

・お題：生体内の様々な分子は相互作用し、絶妙なバランスを保っている。生体内の分子の役割を理解するのに、ネットワーク解析が有効らしい。学んでみたい。 ・私は素人なので、参考サイトをなぞるような形で学んでいきたい。今回は以下のサイトを参考に学ば…

・お題：生体内の様々な分子は相互作用し、絶妙なバランスを保っている。生体内の分子の役割を理解するのに、ネットワーク解析が有向らしい。学んでみたい。 ・私は素人なので、参考サイトをなぞるような形で学んでいきたい。今回は以下のサイトを参考に学ば…

・お題：生体内の様々な分子は相互作用し、絶妙なバランスを保っている。生体内の分子の役割を理解するのに、ネットワーク解析が有効らしい。学んでみたい。 ・私は素人なので、参考サイトをなぞるような形で学んでいきたい。今回は以下のサイトを参考に学ば…

・お題：生体内の様々な分子は相互作用し、絶妙なバランスを保っている。生体内の分子の役割を理解するのに、ネットワーク解析が有効らしい。学んでみたい。 ・私は素人なので、参考サイトをなぞるような形で学んでいきたい。今回は以下のサイトを参考に学ば…

・お題：次元圧縮の手法で、主成分分析というやつがある。軸を引き直して情報の寄与の大きい軸だけとり出すことで、次元を下げるらしい。よく分からないので、体感してみたい。 ・例えば10次元の変数セットを主成分分析で軸を取り直し、寄与の大きい軸トップ…

・お題：細胞一つ一つのオミクス情報を解析する手法をシングルセル解析と呼ぶらしい。Seuratというライブラリを使ってやってみたい。 ・私は素人なので、以下のチュートリアルをなぞってみたい。 satijalab.org ・前回、チュートリアルのPCAのヒートマップを…

・お題：細胞一つ一つのオミクス情報を解析する手法をシングルセル解析と呼ぶらしい。Seuratというライブラリを使ってやってみたい。 ・私は素人なので、以下のチュートリアルをなぞってみたい。 satijalab.org ・インストールは以下を参照。 satijalab.org …

・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

・お題：遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回はDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

・お題：処理の一部を関数化することがあるけれど、いちいち関数を作成するのもめんどくさい。関数を集めたモジュールを作成し、読み込むだけで関数を使えるようにしたい。 ・関数とモジュールの関係は、関数が「具体的な計算機能」のこと、モジュールが「関…

・お題：Pythonで共通構造を持つ低分子化合物を弄っていた。構造情報を分かりやすく示したい。 ・以下のサイトなどを参考にさせて頂いた。正しいことは元サイトをご確認いただきたい。 qiita.com ・まず、化合物の構造を落としてくる。今回はchemblから化合…

・お題：Tableauという探索的データ解析ツールがあるらしい。PandasのDataFrameを使ってTableuっぽくグラフを描くパッケージでPyGWalkerというやつがあるらしい。Tableauは有料っぽいので、PyGWalkerを使ってみたい。 ・PyGWalkerのGitHubは以下。正しいこと…

・お題：どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…

・お題：どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…

・お題：先日の遺伝子発現の解析で、発現が減った・増えた遺伝子群が出てきた。その生物学的解釈を考えるうえで、どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析…

・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、DEG解析の結果を図示したり、サンプ…

・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、遺伝子発現の分布をTMM normalizeし…

・お題：他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・元論文は以下。 www.ncbi.nlm.nih.gov ・メスマウスから単…