・お題：動くsinカーブのグラフを作成したい。 ・少し調べてみたところ、matplotlib.animationのArtistAnimationとFuncAnimationという機能でグラフを動かせるらしい。 ・まずArtistAnimationを使う。こちらは、紙芝居形式で、グラフを次々と表示させること…

・お題：y=sinXとy=cosXのグラフを描きたい。 ・「python グラフ」などで検索すれば情報がたくさん出てくる。しかし、素養のない私のような人間は、すぐにやり方を忘れてしまうし、思い出すにも時間がかかる。そこで、ミニマムパッケージのグラフの書き方を…

・お題：辞書を参考にしてリストの値を置換したい。もし辞書にないキーがリストに現れたら、据え置きしたい。 ・例えば、何が売れたかのリストがあるとする。 Lis=["りんご","ぶどう","みかん","みかん","ばなな"] ・これに対して、品目を値段に置換し、値段…

・お題：リスト内包表記の条件分岐でFizzBuzzしたい。 ・FizzBuzz問題は、ある数列に対して、3の倍数だとFizz、5の倍数だとBuzz、15の倍数だとFizzBuzzを返す条件分岐の問題のこと。今回は、1～100までの整数に関して実施することを考える。 ・リスト内包表…

・お題：引数までの素数をリスト形式で出力する関数を作成したい。 ・エラトステネスの篩のアルゴリズムを参考にしてみる。 ja.wikipedia.org ・2から指定の数までの自然数のリストを作成し、そこから素数でないもの（割り切れてしまったもの）を除外するこ…

・お題：引数の約数をリスト形式で出力する関数を作成したい。 ・今回もリスト内包表記を使ってみた。 ・順を追って考えていく。 ①[n for n in range(12)]と入力すると、[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11]と返ってくる。rangeをちょっとずらしつつ、こ…

・最近Pythonを勉強し始めたので、Pythonに関するメモ記事も書いていこうと思う。 ・Pythonは全く初心者で、お作法など全く分からないので悪しからず。 ・お題：特定の長さのランダムな塩基配列を作成する関数を作成したい。 ・例えば一塩基ずつ区切られたリ…

・全角と半角が混在している文字列があったとする。 ・表記の揺れは小さい方が良いので、KNIMEでこの揺れを半角か全角のどちらかに揃えたいと思ったのだが、やっぱりやり方が分からなかった。 ・そこで、Python Scriptノードを使って、Pythonで実装してみた…

・KNIMEでいろいろ扱っていると、特定の条件を満たすセルのデータを消したくなることがある。例えば、数値データばかりのところに、よくわからないアルファベットを含む文字列が混ざっている場合など。 ・こういう場合、文字列を含むセルをmissingにしたいが…

・先日、化合物の記述子をRDKitを使って算出した。この方法で、記述子を100個強得ることができたが、もっと得たい。 ・Pythonも含めて調べてみると、mordredというライブラリを利用するのが良さそうだった。mordredに関しては、以下を参照。 github.com ・ま…

・先日KNIMEでk-meansクラスタリングなどを実施してみた。k-meansクラスタリングの特徴は、プロットした空間中で中心から距離をベースに考えるところで、要は2次元グラフ上なら丸く分布していないと綺麗に分けることができない。 ・歪んだ分布の場合、Spectr…

・酵素反応速度論的解析をする際に、モデルの式に数値を当てはめてパラメータを推定するcurve fittingをやりたかったのだけれど、KNIMEでのやり方が分からなかった。 ・Pythonなら出来そうだったので、KNIMEにPythonを入れ込んで、サンプルデータのfittingを…

・教師あり学習に使うモデルを決めるために、PythonのライブラリPycaretをKNIMEで実行してみた。 ・まず、先日作成したPythonの仮想環境にPycaretを入れようとインストールしようとしたが、上手くいかなかった。 ・knimeenvを作成した際にconda create -n kn…

・KNIMEにはデータ分析に関連する様々な機能が搭載されており、Extensionを用いることにより、PythonやRなどを動かすこともできる。 ・少し解析をやっていて、Pythonを回したいシチュエーションに出くわした。それならPythonだけで十分じゃないかという話は…