いろいろ倉庫

KNIME、EXCEL、R、Pythonなどの備忘録

【R】ホモログを調べてみたかった

・お題:ヒト遺伝子のマウスホモログを探してみたい。 ・共通祖先由来の遺伝子や形態をホモログと呼ぶらしい。また、種分化の際に分岐したホモログをオルソログと呼ぶらしい。言葉の定義がややこしい。以下参考。 bio-and.info ・ヒトでいう●●という遺伝子の…

【R】リストを潰したい

・お題:所用でリストをまっ平に潰したかったので、メモする。 ・例えば、ベクトルに名前を付けたり外したりしてみる。 > v1 <- c(1,2,3,4,5)> v1[1] 1 2 3 4 5> names(v1) <- c("A","B","C","D","E")> v1A B C D E 1 2 3 4 5 > v1 <- unname(v1)> v1[1] 1 2…

【R】遺伝子のIDを変換したり検索したい

・お題:データセットによって遺伝子のIDの記載方法が異なることがある。くっつけて解析する際に困るので変換・統一する方法を調べてみたい。 ・biomaRtというパッケージが使えるらしい。公式サイトは以下。 bioconductor.org ・今回参考にするチュートリア…

【R】Cytoscapeで遊んでみたい③

・お題:バイオインフォマティクスなどのデータを可視化するOSSプラットフォームで、Cytoscapeというやつがあるらしい。Rでこれを弄ってみたい。 ・チュートリアルを探してみたところ、以下のサイトが分かりやすそうだったので、いつものようになぞって勉強…

【R】Cytoscapeで遊んでみたい②

・お題:バイオインフォマティクスなどのデータを可視化するOSSプラットフォームで、Cytoscapeというやつがあるらしい。Rでこれを弄ってみたい。 ・今回は、前回の続きとして、以下のチュートリアルのVisualizing data on networks以降の内容を進めていく。…

【R】Cytoscapeで遊んでみたい

・お題:バイオインフォマティクスなどのデータを可視化するOSSプラットフォームで、Cytoscapeというやつがあるらしい。Rでこれを弄ってみたい。 ・Cytoscapeの公式サイトは以下。本来はソフトウェアとして使用するものらしいけれど、Rで動かすパッケージが…

【R】タンパク質ネットワーク解析をSTRINGdbでやってみたい

・お題:タンパク質間相互作用解析をやると、いろいろなことが分かるらしい。RだとSTRINGdbなどのパッケージを使うとできるらしい。やってみたい。 ・例のごとく、チュートリアルをなぞる。今回のチュートリアルは以下。 rpubs.com ・STRINGdbのインストール…

【R】グラフを隣接行列に変換したい

R

・お題:エッジリストを入手したけれど、所用で隣接行列を入手したくなった。igraphを使って変換してみたい。 ・公式にやり方が書いてあった。 igraph.org ・ライブラリを読み込む。 > library(igraph) ・データを読み込む。今回のデータは、重み付きのエッ…

【R】data.frameのNAの行や列を何とかしたい+α

・お題:データには欠損値がつきものだけれど、欠損値があるとエラーが出ることもある。欠損値のある行や列を消したい。 ・適当にデータフレームを作る。 > library(tidyverse)#dplyr必須なので、tidyverseを起動> df<- data.frame(ID = c("A-01","A-02","B-…

【R】data.frameを読み込んだりくっつけたりしたい

・お題:data.frameの扱いをまだまだ覚えられないので、メモしておく。 ・データは適当にcsvで用意した。 ・とりあえず、tidyverseを読み込む。 > library(tidyverse) ・csvを読み込む。 > df0<-read.csv("20230416_0.csv")> df0 ・これでも良いといえば良い…

【R】ネットワークの中心性指標と生存必須性の関係を見てみたい

・お題:先日、参考サイトをなぞって大腸菌のネットワークの中心性指標と生存必須性の関係を見てみた。その際は参考サイトで提供されているデータセットを使って実行してみたが、自分でデータセットをとって来るところからやってみたい。 ・今回の参考元サイ…

【R】data.frameの基本的な使い方をメモしておきたい

・お題:すぐに使い方を忘れるので、データフレームの基本的な使い方をメモしておきたい。 ・tidyverseを読み込む。 > library(tidyverse) ・適当にデータフレームを作成する。 > df <- data.frame(ID = c("A-01","A-02","B-01","B-02","C-01","C-02"),+ Sco…

【R】中心性解析してみたい②

・お題:ネットワークの大事なところを探すことを、中心性解析と呼ぶらしい。生物の分子機能のネットワークの中心性解析を使うと、生体維持に大切なところを見つけられたりするみたい。ぜひやってみたい。 ・先日ネットワーク解析を学びたいというシリーズの…

【R】中心性解析してみたい①

・お題:ネットワークの大事なところを探すことを、中心性解析と呼ぶらしい。生物の分子機能のネットワークの中心性解析を使うと、生体維持に大切なところを見つけられたりするみたい。ぜひやってみたい。 ・先日ネットワーク解析を学びたいというシリーズの…

【R】ネットワーク解析を学んでみたい④

R

・お題:生体内の様々な分子は相互作用し、絶妙なバランスを保っている。生体内の分子の役割を理解するのに、ネットワーク解析が有効らしい。学んでみたい。 ・私は素人なので、参考サイトをなぞるような形で学んでいきたい。今回は以下のサイトを参考に学ば…

【R】ネットワーク解析を学んでみたい③

R

・お題:生体内の様々な分子は相互作用し、絶妙なバランスを保っている。生体内の分子の役割を理解するのに、ネットワーク解析が有向らしい。学んでみたい。 ・私は素人なので、参考サイトをなぞるような形で学んでいきたい。今回は以下のサイトを参考に学ば…

【R】ネットワーク解析を学んでみたい②

R

・お題:生体内の様々な分子は相互作用し、絶妙なバランスを保っている。生体内の分子の役割を理解するのに、ネットワーク解析が有効らしい。学んでみたい。 ・私は素人なので、参考サイトをなぞるような形で学んでいきたい。今回は以下のサイトを参考に学ば…

【R】ネットワーク解析を学んでみたい①

R

・お題:生体内の様々な分子は相互作用し、絶妙なバランスを保っている。生体内の分子の役割を理解するのに、ネットワーク解析が有効らしい。学んでみたい。 ・私は素人なので、参考サイトをなぞるような形で学んでいきたい。今回は以下のサイトを参考に学ば…

【Python】主成分分析を感じてみたい

・お題:次元圧縮の手法で、主成分分析というやつがある。軸を引き直して情報の寄与の大きい軸だけとり出すことで、次元を下げるらしい。よく分からないので、体感してみたい。 ・例えば10次元の変数セットを主成分分析で軸を取り直し、寄与の大きい軸トップ…

【R】シングルセル解析を学んでみたい(Seurat)②

・お題:細胞一つ一つのオミクス情報を解析する手法をシングルセル解析と呼ぶらしい。Seuratというライブラリを使ってやってみたい。 ・私は素人なので、以下のチュートリアルをなぞってみたい。 satijalab.org ・前回、チュートリアルのPCAのヒートマップを…

【R】シングルセル解析を学んでみたい(Seurat)①

・お題:細胞一つ一つのオミクス情報を解析する手法をシングルセル解析と呼ぶらしい。Seuratというライブラリを使ってやってみたい。 ・私は素人なので、以下のチュートリアルをなぞってみたい。 satijalab.org ・インストールは以下を参照。 satijalab.org …

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-4③(DESeq2)

・お題:遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-4②(DESeq2)

・お題:遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-4①(DESeq2)

・お題:遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回もDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-3(DESeq2)

・お題:遺伝子発現の多寡を解析するパッケージとして、EdgeR、DESeq2、limmaなどいろいろあるらしい。今回はDESeq2をやってみたい。 ・私は素人なので、tutorialをなぞる感じで学んでいきたい。今回のtutorialは以下。正しいことは元サイトを見て頂きたい。…

【Python】モジュールを作ってみたい

・お題:処理の一部を関数化することがあるけれど、いちいち関数を作成するのもめんどくさい。関数を集めたモジュールを作成し、読み込むだけで関数を使えるようにしたい。 ・関数とモジュールの関係は、関数が「具体的な計算機能」のこと、モジュールが「関…

【Python】共通構造をもつ化合物を分かりやすく示したい

・お題:Pythonで共通構造を持つ低分子化合物を弄っていた。構造情報を分かりやすく示したい。 ・以下のサイトなどを参考にさせて頂いた。正しいことは元サイトをご確認いただきたい。 qiita.com ・まず、化合物の構造を落としてくる。今回はchemblから化合…

【Python】PyGWalkerでTableuっぽくグラフを描きたい。

・お題:Tableauという探索的データ解析ツールがあるらしい。PandasのDataFrameを使ってTableuっぽくグラフを描くパッケージでPyGWalkerというやつがあるらしい。Tableauは有料っぽいので、PyGWalkerを使ってみたい。 ・PyGWalkerのGitHubは以下。正しいこと…

【R】パスウェイ解析を学んでみたい③

・お題:どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…

【R】パスウェイ解析を学んでみたい②

・お題:どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…