KNIMEとか倉庫

KNIMEやEXCELなどの備忘録です。

【KNIME】塩基配列をアミノ酸配列に翻訳したい

・興味で、塩基配列アミノ酸配列に翻訳するワークフローを作成した(下図)。
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・正直、かなりくどい構成になった。
・入力は、塩基配列とデフォルトのコドン対応表で、出力は3フレームそれぞれのアミノ酸配列をくっつけた表にした(下図)。
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・ワークフローの処理ステップ
塩基配列をすべて大文字に変換。
②塩基長をカウントした列を作成。
③コドン数をカウント。
塩基配列をコドンの数だけ複製。
⑤④で複製した塩基配列から、3塩基ずつずらして文字列を抽出し、コドンを分解。
⑥コドン対応表の一番上の行にあるコドンをアミノ酸に置換。
再帰ループでコドン対応表を削りつつ、すべてのコドンを置換。
⑧コドン数の列を削除し、AA列の名前をFrame番号に変更。
⑨Fr.1,2,3のAA配列を結合。

ワークフロー(ごちゃごちゃしているところはMetanode化)
drive.google.com

・動作不良、その他不利益に関して、当方は一切補償しない。

終わり。