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KNIME、EXCEL、R、Pythonなどの備忘録

【R】パスウェイ解析を学んでみたい①

・お題:先日の遺伝子発現の解析で、発現が減った・増えた遺伝子群が出てきた。その生物学的解釈を考えるうえで、どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-2③

・お題:他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、DEG解析の結果を図示したり、サンプ…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-2②

・お題:他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、遺伝子発現の分布をTMM normalizeし…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-2①

・お題:他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・元論文は以下。 www.ncbi.nlm.nih.gov ・メスマウスから単…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい⑤

・お題:前回の続き。Differential expression analysis(DEG)という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい④

・お題:前回の続き。Differential expression analysis(DEG)という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい③

・お題:前回の続き。Differential expression analysis(DEG)という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい②

・お題:前回の続き。Differential expression analysis(DEG)という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい①

・お題:病変部と非病変部で何か違うのか調べたいときに、遺伝子発現の違いを調べることがあるらしい。Differential expression analysis(DEG)という解析らしいのだけれど、せっかく生物学を学んでいるのだから、その辺も少し齧ってみたい。 ・私はWet専門…

【R】パイプ演算子を学びたい

・お題:パイプ演算子というやつを使うと、分かりやすいコードが書けるらしい。どんなものか、体験してみたい。 ・先日Tidyverseを調べた際に、dplyrパッケージのチートシートにpipesという記述があった(以下)。 github.com ・pipesは日本語でパイプ演算子…

【R】処理を速くしてみたい

・お題:Rでfor文を使うと処理が遅いので、for文を使わずに処理を速くしてみたい。 ・以下のサイトを参考にさせて頂いた。 book.mynavi.jp ・とりあえず、以前のようにfor文で処理を記載してみる。1から1億まで整数を二乗して足してもらった。 > m=0> tic()>…

【R】処理時間を計測してみたい

・お題:処理にかかった時間を取得したい。 ・tictocという可愛らしい名前のパッケージを使ってみる。以下を参照した。 qiita.com ・install.packages("tictoc")でパッケージをインストール。 ・tictocを起動し、参考通りに実行してみる。tic()とtoc()で処理…

【R】繰り返し処理してみたい。

・お題:for文やwhile文を使って、繰り返し処理をしてみたい。 ・for文を使ってみる。1から10まで足し算することを考える。Pythonで書くとこんな感じ。rangeはわざわざリスト化する必要はないけれど、Rと似たような感じにしたくてリストにしてみた。list(ran…

【R】ggplot2で作図してみたい

・お題:先日インストールしたパッケージ群tidyverseに、ggplot2というグラフを作成するパッケージが入っていた。ggplot2でいろいろ作図してみたい。 ・以下のサイトを参考にさせて頂いた。非常に丁寧に解説なさっているので、ぜひそちらをご参照いただきた…

【R】Tidyverseに関するメモ

・お題:Pythonもそうだけれど、Rでは便利機能を備えたソフトウェアをインストールすることで、機能を拡張することができる。少し調べてみたところ、データサイエンスやりたいならとりあえずTidyverseというパッケージ集をインストールしておくと便利らしい…

【R】データの型を確認したり変更したりしたい

・お題:データの型が合わないと、うまく処理してくれない。データの型の確認方法や、変更方法をメモしておきたい。 ・とりあえず、オブジェクトを作ってみる。 > a<-1> b<-"2" ・それぞれのオブジェクトの型を確認する。Rではclass関数で出てくるっぽい。も…

【R】data.frameを直接弄ったりしたい

・お題:data.frameを直接弄ったりしてみたい。 ・とりあえず、data.frameを作成する。 > col1<-c(1,2,3,4)> col2<-rnorm(4,10,2)> col3<-sample(c("a","b"),4,replace = TRUE)> df=data.frame(col1,col2,col3)> df col1 col2 col31 1 11.516636 a2 2 14.030…

【R】数値データを作りたい

・お題:いろいろやってみたいときに、イメージするサンプルデータをテキパキ作れるとたぶん便利。数値データを作ってみたい。 ・好きに数値を入力したい。 > c(1,3,6,10)[1] 1 3 6 10 ・決まった数値を反復させたいときは、repを使う。例えば、1,2,3,1,2,3.…

【R】Rの使い方メモ③(ディレクトリとかファイル)

・お題:ディレクトリ関連のメモ。随時追加。 ・ワーキングディレクトリの取得。 > getwd()[1] "C:/Users/xxxxx/Documents" ・ワーキングディレクトリの設定。例えば、デフォルトのディレクトリ中にRというフォルダ中の20230101というフォルダに設定。 >setw…

【R】Rの使い方メモ②(データフレーム)

・お題:Rの基本的な使い方に関して、長くなったので分けて記載することにした。今回はデータフレーム関連。思いついたら随時追加していきたい。 ・とりあえず、csvを読み込む。 > df<-read.csv("test.csv")> df ID Name Nenshu Shusshin1 a Tanaka 300 Toky…

【R】Rの使い方メモ①

・お題:データ分析をするのにRを使いたいのだけれど、私の頭はザルなので、全然頭に残らない。そこで、使い方を簡単にメモしておきたい。 ・Rの導入 基本的なことは以下のサイトに網羅されている。感謝。RとRStudioを放り込んで、環境を構築した。 htsuda.n…

【Python】分類問題で遊んでみたい。

・お題:機械学習というやつで遊んでみたくて、画像に写っているものが何か分類する問題をやってみようと思った。有名な問題で、手書きの数字画像がなんの数字か判別するモデルを作るやつがあるらしい。やってみたい。 ・とりあえず、データをロードしてみる…

【Python】ネットワークをくっつけたり共通部分を出したりしたい

・お題:似た実験をしたところ、2つのデータセットを得た。それぞれからネットワークを作成したところ、どうやら被っているところと違うところがあるらしい。これらを可視化したい。 ・networkxの公式サイトを参考にした。正しくはそちらを参照いただきたい…

【Python】PandasのDataFrameの特定の列に色をつけたい

・お題:PandasのDataFrameの特定の列やセルに色を付けて、表を見やすくしたい。 ・公式サイトを参考にした。正しいことは公式サイトを参照していただきたい。 pandas.pydata.org ・とりあえず、データセットを作成する。 import pandas as pdimport numpy a…

【Python】DataFrameから特定のデータ型の列だけ取り出したい

・お題:PandasのDataFrameを入手した。このDataFrameから特定のデータ型の列だけ抜き出したい。 ・Pandasの公式にやり方が書いてあった。正しいことはそちらをご確認いただきたい。 pandas.pydata.org ・とりあえずデータフレームを作成する。今回は、スポ…

【Python】ネットワークの中の大事なノードを見つけたい

・お題:先日、ネットワークの図を描いてみた。たくさんあるノードの中で、どれが大事っぽいのか推定してみたい。 ・大事さと私がイメージしていることは、ネットワーク界隈では中心性と呼ぶらしい。私の「大事さ」はぼんやりとしたイメージだけれど、「中心…

【Python】ネットワークからコミュニティを抽出したい

・お題:ネットワークを描いたところ、なんだがゴチャっとしている。どのノード同士がまとまった集団を形成しているのか、コミュニティを抽出してみたい。 ・ネットワークの中にある局所的に繋がりが密な集団をコミュニティと呼ぶらしく、ネットワークの中か…

【Python】相関ネットワークの図を描きたい②

・お題:いろいろな変数の数値データが入った表を入手した。変数の相関関係からグラフを描きたい。 ・やりたいことは先日と同じだけれど、今回はnetworkxの描画をもう少し工夫してみた。以下のサイトを参考にさせて頂いた。 qiita.com ・とりあえず、データ…

【Python】辞書のバリューでキーをとってきたい

・お題:諸般の事情で、辞書型のvalueから対応するkeyをとって来る必要が出てきた。やってみたい。 ・きっともっとエレガントなやり方があると思うが、私なりに考えてみた。 ・とりあえず、辞書を作成する。 Dic1={"A":"a", "B":"b", "C":"c", "D":"c"} ・こ…

【Python】相関のネットワークの図を描きたい

・お題:それぞれの変数に関して、相関係数をもとに、ネットワーク図を描いてみたい。 ・変数間の相関係数をもとにネットワークを描くことがあるらしい。偽相関の懸念や因果関係を表すわけではないなどの注意点があるが、せっかくなのでやってみたい。 ・と…