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KNIME、EXCEL、R、Pythonなどの備忘録

2023-02-01から1ヶ月間の記事一覧

【R】パスウェイ解析を学んでみたい③

・お題:どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…

【R】パスウェイ解析を学んでみたい②

・お題:どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析も全く分からない。そこで、ネットで調べたチュートリアルをなぞって学んでみたい。今回参考にしたのは、…

【R】パスウェイ解析を学んでみたい①

・お題:先日の遺伝子発現の解析で、発現が減った・増えた遺伝子群が出てきた。その生物学的解釈を考えるうえで、どのようなパスウェイが変わりがちか調べる解析のことを、パスウェイ解析というらしい。やってみたい。 ・私はwet人間なので、パスウェイ解析…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-2③

・お題:他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、DEG解析の結果を図示したり、サンプ…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-2②

・お題:他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・今回は前回の続きで、遺伝子発現の分布をTMM normalizeし…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい-2①

・お題:他にも遺伝子発現解析の例があったので、そちらもなぞってみたい。 ・次の例は以下。とても詳しく記載してあるので、きちんとしたことは元サイトをご確認いただきたい。 bioconductor.org ・元論文は以下。 www.ncbi.nlm.nih.gov ・メスマウスから単…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい⑤

・お題:前回の続き。Differential expression analysis(DEG)という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい④

・お題:前回の続き。Differential expression analysis(DEG)という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい③

・お題:前回の続き。Differential expression analysis(DEG)という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい②

・お題:前回の続き。Differential expression analysis(DEG)という解析を少し齧ってみたい。私はWet専門で学んできた人間だから、この辺の解析方法にはとんと疎い。以下のHPを順になぞって学んでいきたいと思う。 combine-australia.github.io ・今回は前…

【R】遺伝子発現解析を学んでみたい①

・お題:病変部と非病変部で何か違うのか調べたいときに、遺伝子発現の違いを調べることがあるらしい。Differential expression analysis(DEG)という解析らしいのだけれど、せっかく生物学を学んでいるのだから、その辺も少し齧ってみたい。 ・私はWet専門…

【R】パイプ演算子を学びたい

・お題:パイプ演算子というやつを使うと、分かりやすいコードが書けるらしい。どんなものか、体験してみたい。 ・先日Tidyverseを調べた際に、dplyrパッケージのチートシートにpipesという記述があった(以下)。 github.com ・pipesは日本語でパイプ演算子…