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KNIME、EXCEL、R、Pythonなどの備忘録

2022-09-01から1ヶ月間の記事一覧

【Python】平均値の棒グラフに個別値もプロットしたい

・お題:A、B、C及びDの4つの試験条件で、実験をしたところ、10個ずつデータを得ることができた。各試験条件ごとに、平均値を棒グラフで示し、ついでに個別値もプロットしたい。 ・これまでEXCELで似たようなことをやっていたが、jitterの設定ができず、個別…

【Python】データで計算したい

・お題:DataFrameのデータを使って、集計など、何らか計算したい。 ・DataFrameが与えられて、何等か計算したいとする。そのような場合には、pandasのapplyメソッドが便利。 ・まずはデータセットを作成する。 import numpy as npimport pandas as pd a=np.…

【Python】複数のヒストグラムをいい感じに並べたい

・お題:いろいろなヒストグラムを分かりやすく並べて描画したい。 ・ヒストグラムは分布をみるのに便利だけれど、たくさん描くと見づらくなってしまう。そこで、良い感じに複数のヒストグラムを並べて描画できないか、少し調べてみた。 ・とりあえず、データ…

【Python】ベン図を描きたい

・お題:ベン図を描きたい。細かい設定なしで、集合を放り込むだけで、勝手にベン図を描いてくれると尚良い。 ・少し調べてみたところ、ベン図を描画できるライブラリがあった。matplotlib-vennというライブラリ。pip install matplotlib-vennでインストール…

【Python】dataframeの列名やインデックスをまとめて変えたい。

・お題:DataFrameを作成したが、列名やインデックスに問題がある。置換したり、一括で変えたり、接尾辞を加えたり、いろいろとうまいこと変更したい。 ・とりあえず、dataframeを作成する。 import pandas as pddic={"A":[1,2,3], "B":[4,5,6], "C":[7,8,9]…

【Python】表を縦長にしたい

・お題:マトリックスになっている表を、リスト形式に変形したい。 ・表の形式として、マトリックス形式とリスト形式というやつがあるらしい。 マトリックス形式が以下の形式で、プレートマップのような感じ。 対して、それぞれの要素を縦に並べたような表を…

【Python】DataFrameをマルチにまとめたい

・お題:複数のDataFrameを纏めて、マルチインデックスやマルチカラムの一つのDataFrameとして扱いたい。 ・pandasのDataFrameの扱い方がよく分からなかったので、少し調べてみた。すぐ忘れるので、メモしておく。 ・とりあえず、csvをDataFrameとして読み込…

【Python】マルチカラムから列をとってきたい

・お題:マウスに試験物質を連投したところ、以下の体重データが得られた。各処置条件の平均値、中央値、最大値、最小値を一つの表に作成し、そこからデータを切り出すことで、経日的なグラフで示したい。 データ Compound Dose No Day0 Day1 Day2 Day3 Day4…

【Python】平均値を算出してグラフにしたい

・お題:マウスに試験物質を連投したところ、以下の体重データが得られた。各処置条件の平均値を、経日的なグラフで示したい。 データ Compound Dose No Day0 Day1 Day2 Day3 Day4 Day5 Day6 Day7 A 1 1 25.9 25.9 26.1 26.9 27.8 28.6 28.9 29.3 A 1 2 25.2…

【Python】scikit-learnで欠損値を補完したい。

・お題:欠損値を補完したい。 ・前回、主にpandasを用いて欠損値を数えたり削除したり何らかの定数で補完する方法を少し調べた。 ・今回は、scikit-learnでもうちょっと頑張って欠損値を補完したい。 ・とりあえず、データセットを作る。 import pandas as …

【Python】欠損値を何とかしたい

・お題:データセット中の欠損値の有無などを調べて、何とかしたい。 ・入手したデータが、端から端までピッチリ埋まっていることは、実験データを収集するうえで期待できない場合が多い。入手したデータセットの欠損値に関して情報を得て、何とかしたい。 …

【KNIME】構造情報を一覧で見やすくしたい

・先日、Tile Viewで情報を見やすく成型したが、構造情報をうまく表示することができなかった。 ・Tile Viewは対応するセルの情報をカードに出力してくれるのだから、画像データをそのまま渡せばよいのでは?と思って調べたところ、SMILESの構造情報を画像と…

【Python】boolean型でifしたい

・お題:boolean型の変数を使って、ifの条件分岐をしたい。 ・boolean型は、True/Falseを示す型のことらしい。 ・a=Trueとすれば、aにTrueというboolean変数が入った状態になる。また、Trueはintの1、Floatの1.0、strの"True"に対応しており、Falseはintの0…