・KNIMEで解析をしていて、列の数値または行の数値を集計したいことがあった。 ・それぞれに使うノードが異なるので、メモしておく（下図）。 ・列のデータを足す場合はGroupByを使う（以下設定）。ワイルドカードですべての列を選択し、処理にSumを設定。 …

・ワークフローを作成している際に、表から列名を基準に列を抽出したい場面があった。 ・これまでは、Extract Column Headerで列名を抽出してCreate Collection Columnで列名を纏め、variableに変換し、Column Filterでvariableを指標に列を抽出していたが、…

・KNIMEで分子生物学的なワークフローを構築しようと思ったが、いまひとつしっくりこない。翻訳ワークフローのように、頑張って組むのも不可能ではなさそうだが、何とかならないか。 ・pythonで何とかなりそうなので、pythonを入れ込んでバイオしてみた。 ・…

・有機化学の基本的な考え方として、「似たような構造を持っている化合物は似たような活性を持つ」というものがある。一方で、化合物はそれぞれに異なる活性を持つことも事実と思う。 ・どこでその差が出るのか考えるときに役に立つのが、「どこが同じでどこ…

・前回、構造からChembl_IDを収集した。 ・Chembl_IDが分かると、ChemblやTargetMineなどで活性情報などを調べやすくなる。 ・今回は、Chembl_IDを使ってChemblで生物活性情報を収集してみた。 ・やったことは、前回とほとんど同じ（以下）。 ・String Manip…

・例えば、化合物の構造だけ与えられて、「これと似たような化合物が、何かの生理活性を測定された報告はあるのかな？」と気になったとする。 ・個別の化合物を検索するのであれば、CHEMBL（以下）などでSmilarityも含めて、アッセイ結果を検索してみるのが…

・前回に引き続き、化合物を構造でまとめたい。 ・今回は階層型クラスタリングをしてみたい。 ・ワークフローを組んでみた（下図）。 ・流れは以下の通り。 ①SDF読み込み。 ②情報抽出。今回はchembl_id（RowIDに設定）と構造情報だけにした（下図）。 ③Finge…

・化合物の構造を、何らかの形で纏めたいと思った。 ・一つのやり方として、機械的に類似度を算出し、似ている化合物は同じ性質をもつだろうと推測する手法があると思う。 ・例えば、A、B、C、Dの４つの化合物がある場合、Aと一番似ている（A-B、A-C、A-Dの…

・先日、化合物をKNIMEで扱ってみた。 ・化合物の構造ファイルとして、いろいろな記述法があり、中でもSMILESとSDFはよく見かける。 ・SMILESの特徴は、1次元の文字列の配列であり、記述自体がシンプルであること。SDFの特徴は、化合物の構造以外の情報も盛…

・KNIMEでいろいろな分析をしていると、乱数を発生させたくなることがある。 ・EXCELでの乱数の発生のさせ方は以前記事にしたが、KNIMEだともっと簡単たくさんの乱数を発生させることができる。 ・Node Repositoryで調べると、以下の一群のノードが役に立ち…

・先日に引き続き、化合物を少し触ってみたい。例えば共通の構造を分かりやすく表示出来たら面白いな、と思ったので、少し調べてやってみた。 ・今回は、CheMBLから適当にsdfのデータセットを落としてきたので、読み込むのはsdf readerノードで実施した。構…

・KNIMEの使い方は様々にあるが、そのうちで特に発達している利用法の1つにケモインフォマティクスがある。化学情報学や計算化学と日本語訳される学問で、化学物質の性質を情報学の観点から表現・解析・予測する学問らしい。せっかくKNIMEを扱っているので、…

・生存時間を評価する手法として、Kaplan-Meier法という手法がある。これは、生存率曲線を描くことで、生存時間（期間）を推定する手法。 ・2群間の生存時間を比較する統計手法としてよく用いられるのは、ログランク検定と一般化Wilcoxon検定だろう。Cox比例…